明治二十六年，也就是光绪十九年（ 1893 ），袁世凯在朝鲜驻守又满了三年。清政府下旨袁世凯补浙江省温处道职位的空缺，但让他仍然留守在朝鲜，暂时不去浙江赴任。袁世凯升官之后，就按着相应等级对唐绍仪等人都进行了褒奖。这年春天，朝鲜境内民怨鼎沸，全罗道等地聚集的数万民众揭竿起义。朝鲜政府派军队前去围剿，但是军队一到民众就散了，而军队一撤民众就又重新聚集起来。时间久了，一些士兵也投入到了闹事的民众之中。韩王于是下令地方自办团练围剿，其实这也是袁世凯的主意。

明治二十七年，即光绪二十年（ 1894 ）二月，朝鲜政府派太监洪钟宇从日本骗金玉均一同回上海，并在美租界的日本旅馆刺杀了他。随后洪钟宇被美租界的巡捕房抓获。洪钟宇一直和袁世凯保持着联系，当袁世凯听说洪钟宇刺杀金玉均成功后，袁世凯就代替韩王向李鸿章发电报，请李鸿章设法救护洪钟宇（ 因当时担心美国领事会以妨碍租界安宁为名，而不肯将洪钟宇交给清朝 ）。李鸿章接到袁世凯的电报后，就给上海道发了电报：

袁道电，顷韩王遣赵秉稷来告，昨申刻有韩人洪钟宇在沪杀金玉均，洪为租界巡捕获囚，其志可嘉，乞饬沪道设法救护云。金系在韩谋叛首犯，来华正难处置，今被韩人在租界刺杀，罪有应得，可置勿论。外人如有饶舌，宜直告之。

上海道接到李鸿章的电报之后，就委派上海县的官员前去查验金玉均的尸体，并向美国领事索要洪钟宇归案查办。洪钟宇刚出了美租界，就坐上了四人肩抬的轿子，看来清朝并没有把他作为凶犯对待，不久清朝就将他以及金玉均的尸体一起移交给朝鲜。与此同时，还有朝鲜人李逸稷、权东寿，二人也是宫内太监，到东京准备刺杀朴永孝，但是没有成功。朴永孝于是在东京地区裁判所控告他们两人。司法警察前去逮捕，李逸稷、权东寿都藏匿在朝鲜驻日的公使馆内。日本法官向朝鲜公使要人，朝鲜公使以李逸稷和权东寿都是公使馆的官员为由，坚决不交。因为使馆有治外法权，日本政府对此也无能为力。听说金玉均被洪钟宇刺杀后，尸体被运回朝鲜，朝鲜仍然对他执行了野蛮的刑罚——车裂，但并没有治洪钟宇的罪，反倒给他授予了显赫的官位。这件事引起日本民众的极大愤怒，数千民众聚集在一起，冲入朝鲜公使馆，将李逸稷、权东寿二人拉出，交给裁判所审讯。谋杀金玉均、朴永孝的举动引起了我日本国民的义愤，这也是甲午日清战争爆发的一大原因。

这年阳历5月1日，朝鲜的东学党发动暴乱。东学党发动暴乱的目的就是为了制止官吏的暴虐，暴乱最早爆发于古阜（ 全罗北道 ），人数很快就发展到数万人，并夺取了罗道全州。朝廷派京华兵前去围剿，结果京华兵大败，连军械都被夺走了。官兵闻风丧胆，战争的形势很快波及到朝鲜的京城，朝廷十分害怕，一面防止叛乱北上，一面给袁世凯发文让他转告清政府调兵帮助剿灭叛乱，现摘录朝鲜给袁世凯的公文如下：

照得敝邦全罗道所辖之泰仁、古阜等县，民皆凶悍，性情险谲，素称难治。近月来附串东学教匪，聚众万余人，攻陷县邑十数处，今又北窜陷全州省治。前经遣练军前往剿抚，该匪竟敢拚死拒战，致练军挫败，失去炮械多件。似此凶顽，久之殊为可虑。况现距汉城仅四百数十里，如任其北窜，恐畿辅骚动，所损匪细。而敝邦新练各军，现数仅可护卫都会，且未经战阵，殊难用以殄除凶寇，倘滋蔓日久，其所以贻忧于中朝者尤多。查壬午甲申敝邦两次内乱，成赖中朝兵士代为勘定。兹拟援案，请烦贵钦差迅即电恳北洋大臣，酌遣数队，速来代剿，并可使敝邦各兵将随习军务，为将来捍卫之计，一俟悍匪挫殄，即请撤回，自不敢续请留防，致天兵久劳于外也。并请贵钦差妥速筹助，迅赐施行，以济急迫，至切盼待。