到了六月中旬，各国联军齐聚，天津危在旦夕。裕禄迫不得已，专门派遣道员陈以培到山东请求袁世凯发兵。袁世凯对陈以培说：“裕禄不是觉得义和拳神通广大吗，怎么会到今天这种地步呢？既然是想让山东出兵，那为什么不请旨施行呢？更何况他应该先行通知我，也好让我提前准备一切。现在虽然朝廷下令禁止军队穿洋装，但我直到现在都还没有接到圣谕，所以我也不敢擅自改变军队的装束。我所练的新军都还穿着洋装，怎么能北上呢？”陈以培知道袁世凯在有意敷衍，不得已只能效仿申包胥哭秦廷的故事。袁世凯说：“您不要这样，我现在手里只有夏辛酉的第十营，就派他们北上支援吧。”当时云贵、四川的勤王之师都已北上，有的一战就失败了，有的没有开始战斗就溃败了。山东和京津关系最为密切，怎么会有没接到朝廷谕旨的道理呢？

陈以培离开以后，袁世凯私下里嘱咐夏辛酉缓慢前进，切勿直捣天津。夏辛酉行至中途时，京津沦陷，两宫太后出逃至山西，袁世凯就飞书令夏辛酉迅速率领部队到山西护驾。

京津沦陷后，八国联军驻扎在北京，两宫太后逃奔到了太原，李鸿章被任命为直隶总督兼任议和全权大臣。袁世凯知道两宫所在之地后，就派人带着银子二十万两，数种特产到两宫太后那里去叩请圣安。当时北方几个省份都受到义和拳的蹂躏，糜烂不堪，只有山东是一片净土。清廷能与东南各省互通消息也全依赖山东的传递。

袁世凯得到议和的旨意后，就命提督姜桂题率兵北上，剿灭义和拳的余孽。于是，清朝朝野上下都认为袁世凯是个能人。

清光绪二十五年（ 1899 ）五月，袁世凯的生母在山东巡抚的任所内去世。袁世凯就上疏恳请朝廷另派他人来代替自己，自己要回老家为母守孝三年。朝廷回复的谕旨如下：

袁世凯电奏，恳请回籍营葬，情词哀切，具见孝思。惟山东地方，关系全局，该抚势难一日暂离，务当勉抑哀思，用资坐镇。一俟大局定后，再行赏假回籍营葬。该抚之母，教有义方，朝廷甚为褒许。该抚更当感激奋发，移孝作忠，共济时艰，以副倚任。钦此。