1949年，崔琦在新宝镇的石桥区高皇庙高小毕业。由于当地没有中学，三舅又全家移居澳门，所以，崔琦只好辍学在家。在此期间，他曾和大姐崔颖一起担任过范庄村妇女识字班的教书工作，受到了大家的欢迎；同时，他还积极参加当时为配合革命形势而进行的演剧和游艺活动，并领着村里的“花棍队”夺得全区“打花棍”(一种在当地十分流行的民间传统游艺活动)比赛第一名。

两年过去了，当地依然没有成立中学，这可急坏了崔琦的母亲。1951年母亲毅然决定让他到外地读书。这年秋天，三姐崔璐领着崔琦来到北京的大姐崔颖处，然后在三舅和两年前已在香港定居的二姐崔珂的帮助下，姐弟俩通过合法手续抵达香港，崔琦随即进入香港培正中学读书。

崔琦在香港读书期间，因为语言交流不便及生活艰难等诸多原因，强烈思念在家乡的母亲，两次写信给母亲要求回老家。母亲收到信后，通过别人告诉崔琦不要想家，好好读书求学才是对父母亲最大的安慰。崔琦刻苦攻读，靠全额奖学金完成中学学业，并于1958年获得美国全额资助，进入伊利诺斯州一所教会学校。这时，他的父亲崔长生已身患重病，卧床不起。作为唯一的儿子，崔琦本应回国为父尽孝，但母亲却始终对他隐瞒了这件事，直到1959年夏天父亲去世，母亲都没对他透露一点儿消息。在这之后的9年间，母亲不管自己受多大的罪，甚至在81岁高龄时住茅草庵，都没有影响儿子的学业。1967年，崔琦在芝加哥大学获物理学博士学位。一年后，母亲王双贤寂寞地离世，当时只有大女儿崔颖一个人守在她身边。