无论是美利坚合众国宪法还是邦联宪法都规定总司令由总统担任。具体而言，北、南两军的指挥权分别掌握在亚伯拉罕·林肯与杰斐逊·戴维斯的手中。颇具讽刺意味的是，出身文人的林肯最终成为指挥有方的战时总统，而戎马一生的戴维斯反倒显得难堪重任。

亚伯拉罕·林肯在肩负起总统兼总司令的双重责任时实际上毫无军事经验可言。林肯虽然在“黑鹰战争”中曾担任过极短时间民兵上尉，但从未接受过任何正规军事训练。然而，林肯具有过人的视野与意志，这毋庸置疑成为联邦赢得战争胜利最为重要的一个原因。正是林肯凭借不惜一切代价平定叛乱的坚定决心将北部紧紧团结在一起，也正是林肯最终决定了北部的战略，并通过手下的军事将领们将这一战略贯彻实施。

林肯与手下几乎所有重要将领都不一样（这些将领们的作战信条就是有限战争，避免作战并且占领重要领土），他并不关注攻城略地，而是相信粉碎南部的斗志、赢得胜利取决于与敌军交战，并且战而胜之。正是林肯提出对南部实施封锁合围的计划（林肯借用了温菲尔德·斯科特“蟒蛇计划”的设想，不过并不像斯科特那样指望通过使南部陷入捉襟见肘的经济窘境，激发当地联邦主义者的反抗情绪，从而在一年之内结束战争）。他相信只要将南部牢牢封锁，凭借北部在人数与资源上的优势，便可同时将南部诸州各个击破，并且对邦联军战而胜之，从而结束战争。

如果说面对负隅顽抗的南部叛军，这一战略历时四年方才奏效，那么其不足之处并不在于计划本身，而在于林肯未能找到一位联邦将领能够理解并接受“消灭敌军有生力量是胜利关键”的理念。

此外，正是林肯开创并发展了现代指挥与参谋理念，尽管这种理念是以一种相当含糊的方式进行，期间不断尝试和犯错。林肯于1861年11月撤去了年事已高、体重达159公斤且身体虚弱的温菲尔德·斯科特的陆军司令职务。取而代之的是在军中人缘颇佳、年仅35岁的乔治·B·麦克莱伦少将。麦克莱伦同时还在1861年7月联邦军第一次马纳萨斯战役惨败之后出任波托马克河兵团司令。作为一名出色的组织者和教官，身高约1.73米的“小麦克”深受部下爱戴。但是，林肯正在找寻的是一位军事战略家，一位带领部队走向胜利的引导者，一位能够指挥千军万马、征战沙场的领军人物，而麦克莱伦完全不具备这些素质。

麦克莱伦在林肯一番苦口婆心的劝诫之下，终于提出了他唯一的战略计划。该计划体现了这位将军在西点军校接受的若米尼式军事思想。按照计划，麦克莱伦将率领27.5万人沿海路进发，溯詹姆斯河而上，攻占里士满。然后全军再次登船，以同样的方式沿海岸线一路南下，直至新奥尔良。虽然利用海路发动两栖作战的计划在战略上多少有可取之处，但实际情况却是麦克莱伦一无人手，二无补给，而且缺乏海上运输执行作战计划，加上仅仅夺取城池丝毫无法伤及邦联军队，因此林肯不得不否决了这一计划，而麦克莱伦也再未想出新的主意。