林谋盛到达印度加尔各答之后，即致信给国民党中央党部秘书长吴铁城，报告由新加坡撤退平安脱险的经过。吴铁城曾于1940年9月任国民党中央密使来新加坡慰问侨团，对林谋盛所组织的抗日救亡工作十分赏识，因此林谋盛觉得他是一位可以投靠的重庆政府的高官。1942年4月12日，林谋盛飞抵重庆，备受吴铁城的欢迎。在他为林谋盛举行的洗尘宴上，还一再询问陈嘉庚的下落，深为他隐居在爪哇岛的险境担忧。不过吴铁城对陈嘉庚是有成见的，因为陈嘉庚与共产党走得近，蒋介石也对他深为不满，曾经想撤换他的南侨筹赈会会长职务。次日，林谋盛又晋见了国民政府主席林森。林森在会见中始终大骂英国人，不仅骂他们拥握重兵却守不住马来亚，更骂英国人在1940年中国抗战最艰苦的时候勾结日本人封锁了滇缅公路，掐断了中国运送抗战物资的咽喉，差点置抗战军队于死地。

林谋盛在几天之后见到了蒋介石本人。蒋介石说：“好啊，你总算平安回来了。”欣慰关切之情溢于言表。于右任那天在场作陪，没插话，也没用心思听，只见他手指在胡子上不停地划来划去，大概是在默练书法。军统局长戴笠也请林谋盛吃过饭。席间林谋盛得知军统局有地下人员在新加坡，于是托戴笠打听家人的下落。数天后戴笠告知林谋盛，他的家人均告平安，还告知林谋盛在新加坡的公司被摊派了给日军的奉纳金七万多元。得知家人平安，林谋盛悬着的心总算落了地。

不久后，林谋盛谋得一个职务：出任国民政府军事委员会咨议及福建省临时参议员。给他这个职务的理由大概是因为他祖籍是福建。他在这个职位待的时间很短，只有一个多月。到了当年6月，国民政府海外部针对有两千华人海员流落在印度一事，与英国方面计划组织一个“中国留印海员战时工作队”，用以协助当地做消防救伤工作。林谋盛当时在重庆任这么个闲职闷得慌，一心想做点实际工作，于是就和一同从新加坡逃出来的庄惠泉报名参加这项工作。6月13日，他和庄惠泉再度回到加尔各答，两人分别担任总务组正副组长。

在加尔各答不久，林谋盛邂逅了新加坡撤退途中认识的英国军官兀菲罗少校。兀菲罗少校告诉林谋盛，英国军方正在组建一支代号为136的特种部队，主要任务是渗透到马来亚本土做颠覆和破坏工作，为收复马来亚、新加坡做准备，问他愿不愿意参加。林谋盛一听十分激动，因为他是新加坡人，应该挺身而出为星马人民的自由而斗争，而且他妻子、孩子都还在那里，恨不得马上杀回去把日本人赶走，所以立刻答应了下来。但是他领教过英国殖民主义者的傲慢和自私无能，不愿被当成简单工具。于是他建议这件事最好通过重庆政府方面，由中英两国政府合作比较有利。英国人表示赞赏，因为他们十分需要华人方面的专业人才。经过谈判磋商，中英两国很快签了协议（中国方面签字人是中央党部秘书长吴铁城，英国方面是英国驻华大使森荪），由中方选派人员，英方负责训练、装备、运送和指挥联络。中国方面先后选送了一百多人参加136部队，分别在孟买、加尔各答、锡兰宝登高等地实行严格的训练。林谋盛调到136部队之后，把老朋友庄惠泉也叫来了。两个人分别被委任为马来亚华人区正副区长。林谋盛还因此获得上校军衔。