在艰难的威海围困战后期，这支军队更是军纪全面崩溃。

首先是部分人员不告而别。“北洋海军医务人员，以文官不属于提督，临战先逃”，“洋员院长，反而服务至最后，相形之下殊为可耻”。

其次是单个的、小规模的逃遁发展到有组织、携船艇的大规模逃遁。1895年2月7日，日舰总攻刘公岛。交战之中，北洋海军十艘鱼雷艇及两只小汽船在管带王平、蔡廷干率领下结伙逃循。结果“逃艇同时受我方各舰岸上之火炮，及日军舰炮之轰击，一艇跨触横档而碎，余沿汀西窜，日舰追之。或弃艇登岸，或随艇搁浅，为日军所掳”。一支完整无损的鱼雷艇支队，在战争中毫无建树，就这样丢脸地毁灭了。

最后更发展到集体投降。“刘公岛兵士水手聚党噪出，鸣枪过市，声言向提督觅生路”，“水手弃舰上岸，陆兵则挤至岸边，或登舰船，求载之离岛”，“哨兵已不在岗位，弁卒多离营垒”，营务处道员牛昶炳请降，刘公岛炮台守将张文宣被兵士们拥来请降，严道洪请降，“各管带踵至，相对泣”，众洋员皆请降。面对这样一个全军崩溃的局面，万般无奈的丁汝昌“乃令诸将候令，同时沉船，诸将不应，汝昌复议命诸舰突围出，亦不奉命。军士露刃挟汝昌，汝昌入舱仰药死”。

官兵“恐取怒日人也”不肯沉船，使镇远、济远、平远等十艘舰船为日海军俘获。这支投入巨资兴建、前后多年操练、声名显赫一时的舰队，就此全军覆灭。

只敢露刃向己，不敢露刃向敌。军风至此，军纪至此，不由不亡。