到了1938年时，蒋介石见复兴社发展得很快，有的人甚至以复兴社社员自居，冷淡了国民党的存在，还发生多起不利于国民党声誉的事件，为此他认为复兴社的存在，严重威胁了国民党的利益，便命令复兴社解散了。但是复兴社社员后来仍然以此来确定自己的身份，成为黄埔军校内部的一个派系。

由复兴社衍变的军统与中统，始终贯穿于国民党在大陆的岁月。中统与军统是同属于国民党的特务机构。中统是属于国民党中央管理的机构，所以称为中统。军统的全称是国民政府军事委员会调查处，后期改成军委会统计调查局、国防部保密局，因其属于军队序列，所以简称军统。双方为了在蒋介石面前争宠、争势力范围、争经费、争主导权，矛盾重重，成为国民党内部公开的秘密，令蒋介石头疼不已。

抗日战争以后，由于国民党的情报从对付中国共产党向对付日本侵略者转变，因此军统的地位不断提升。同时，大片国土沦陷，中统的地方组织被严重破坏，中统的作用逐渐为军统所取代。加之蒋介石对戴笠有知遇之恩和师生之情，他对蒋介石的命令绝对服从，又是蒋介石的最可靠的亲信；而中统主要是由国民党CC系的陈立夫、陈果夫所掌握，在人事上蒋介石不能直接控制，也逐渐失去了蒋介石的扶持。到了国民党退往台湾后，中统完全丧失了组织系统，而军统的组织系统却得到保存和发展。