1937年“七七”事变爆发后，在胡适等人的奔走疏通下，“国民政府将陈独秀原判刑期减为执行有期徒刑3年，以视宽大”，8月25日，陈独秀终于得以出狱，暂时居住于北大学生傅斯年家中，几日后又搬到另一北大学生陈钟凡家里。

随着国民政府迁至武汉，陈独秀又与潘兰珍迁至武汉居祝到武汉后，他不断撰写文章，发表演说，宣传抗战。

其间，托派分子请他到上海重新主持托派，陈独秀予以拒绝；托洛茨基请他去美国，老朋友胡适也请他到美国写自传，均被拒绝。他认为国难当头，自己不能为了生计跑去美国；蒋介石也千方百计拉拢陈独秀，派出陈果夫、陈立夫，想说服他出任国民政府劳动部长；后又请他创建一个新的共产党组织，承诺提供十万元经费和5个国民参政会名额，陈独秀不仅一口回绝，还厌恶地说：

“蒋介石杀了我许多同志，还杀了我两个儿子，我与他不共戴天。现在大敌当前，国共第二次合作，我不反对他就是了。”

此时的陈独秀只有一个想法，就是回到共产党的组织内，为抗日出一份力，并积极与共产党取得联系。

但是，共产党提出的三个条件令他望而却步，首先认错检讨就是他所不能接受的，他认为自己没错，死活不肯低头。加上党内王明、康生千方百计阻挠，诬陷陈独秀是汉奸、日本间谍，称他每月从日本人那里领取300元津贴，令陈独秀愤怒不已，不得不放弃回党工作的想法。

此间，陈独秀与潘兰珍正式结为夫妻，在1938年国民政府前往重庆后，也与7月2日抵达重庆，寄宿于禁烟委员会主任李仲公的办事处，后又迁至上石板街川原公司主任黄氏家里。在他们到达重庆之前，嗣母谢氏与三子陈松年一家已在安庆沦陷前由陈独秀好友安排逃难到重庆。

由于日机空袭频繁，陈独秀的好友、安徽今安庆市同乡邓仲纯、邓季宣兄弟便邀请陈独秀一家到江津居祝8月，陈独秀与潘兰珍乘船前往江津。但船到江津，却不见邓仲纯前来迎接，两人在炎炎烈日下等待多时，只好提着行李赶到江津城关黄荆街83号邓仲纯开设的延年医院。

不料邓仲纯因临时接急诊外出，邓太太以身体不适为由，闭门谢客，并让下人传话说：

“这里房间不够，请二位另觅住处。”

陈独秀虽落难之人，但也不至于低三下四求告他人，倘不是邓仲纯真诚相邀，他断不会主动到此。好在江津还有一同乡方孝远，经其介绍，终于在东门郭家公馆找到落脚之处。

事后经邓仲纯再三解释，才知道事出有因。早在陈独秀第一次被捕时，邓仲纯随同他去新世界游艺场散发送传单，虽侥幸逃脱，却让邓太太耿耿于怀。而1921年，陈独秀更是带着一个神秘人物到邓家躲藏，虽两次邓仲纯均未受到牵连，但邓太太却为此受尽惊吓，认定陈独秀是危险人物，坚决反对邓仲纯再接触陈独秀。这次趁邓仲纯外出，索性给陈独秀吃了闭门羹。

在邓仲纯的一再坚持下，陈独秀夫妇又搬到邓仲纯的延年医院居住，并通知尚在重庆的松年一家和嗣母谢氏来到江津。陈独秀大半生漂泊在外，很少与家人团聚，如今四世同堂，心情随之大为好转。