9月中旬，陈独秀回到上海，就任中共中央局书记，对于张国焘组织一大的表现，陈独秀非常满意，对他赞不绝口。但不久，由于陈独秀对共产国际代表马林抱有成见，而张国焘与马林一向相处融洽，受某些事情的牵连，继而引起陈独秀对张国焘的不满。

马林为人傲慢，常以领导自居，在筹办一大期间，便与李达、李汉俊等人产生隔阂。张国焘自5月来到上海筹办一大，便一直在“二李”与马林之间调和，同时尽力促使马林和党内其他同志和平相处。

陈独秀自广东归来后，从李达、李汉俊那里了解了马林的情况，一直不肯与马林晤面，张国焘唯恐中共中央和共产国际代表矛盾升级，给今后的工作带来不便，尽力从中斡旋，却没料到被卷入其中。

事发于马林的一次私自派人出行日本。当年9月莫斯科得知美国即将召开华盛顿会议后，立即决定召开对台会议，命令马林邀请远东各国派代表前去参加会议。马林在没有通知中共中央任何人的情况下，派为其担任翻译工作的中共党员张太雷赴日本联络有关事宜。

陈独秀回沪后，张国焘汇报了这一情况，陈独秀当场大怒：

“张太雷是中共党员，马林私自派他去日本，根本没把中共中央放在眼里，这样的共产国际代表怎么合作"

陈独秀盛怒之下，即决定将此事报告共产国际，请求撤换马林。但马林对此事却不以为然，当张国焘去其住处问明原因时，马林说：

“这只是个手续问题，没有通知中共中央完全是为了保密和提高办事效率。”

这样的回答莫说不能说服陈独秀，连张国焘都觉得他确实没把中共中央放在眼里。

不料事情并没有就此结束，张太雷去日本前，曾请周佛海、李达给他写了一封介绍信，以便到东京后前去拜访共产党员施存统，寻求施存统的帮助。但周佛海与李达出于对马林此做法的不满，又给施存统写了一封信，让他不要理睬张太雷，致使张太雷到东京后工作陷入被动局面。好在费尽周折终于与施存统消除误会，才得以完成任务，返回国内。

张太雷回到上海后，先将此事告诉了张国焘。张国焘听后也很生气，认为有必要弄清事情原委。但转了一大圈也没见到周佛海与李达的踪影，最后终于在陈独秀家里找到两人。

此时两人已向陈独秀做了汇报，陈独秀不仅将这件事的责任全部揽到自己身上，让张国焘无法直接对周佛海与李达提出质疑，而且反过来指责张国焘犯了自由主义：

“你不该在中国劳动组合书记部创建之前，将创办计划与预算告诉马林！中国革命的一切是要我们自己负责的！更不该给工作人员发放薪金，那等于雇佣革命，我们的党员都应该义务为党服务，这是我们必须坚持的立场"

张国焘愣住了，他看看陈独秀，又看看周佛海与李达，一时弄不清问题出在哪里，但他坚信自己没有错，他说：

“中国劳动组合书记部是在同马林商议并在马林指导下创办的，如果对他隐瞒有关创办计划与预算，那就没法商议，更没办法请人家提出指导意见。我们拥护共产国际，愿意接受它的帮助，却又不愿向他提供我们的情况；我们承认共产国际代表是我们的顾问，却又不想让他知道和参与我们的事情，这样下去怎么开展工作呢？”

张国焘停顿一下，见陈独秀等人并没有反对的意思，便接着说：

“还有经费问题，我们自己很难筹到钱，因此需要共产国际的经济援助。如果不提交我们的计划与预算，这个经济援助很难成为现实。再说，我们的党员也是要吃饭的，如果连基本的生活费都没有，又何谈专心为党服务呢？”