所有的记述在一点上都是一致的，即袁世凯在抵津后便直接去见荣禄，一五一十地报告了他在京城的所作所为。上海的报纸《申报》说，荣禄将袁世凯告警的内容直接电告给皇太后（1898年10月8日），而许多其他的记载则说荣禄乘火车前往北京，在夏宫当面吁请皇太后采取行动。这两件事，他有时间做其中的任一件，也有时间两件都做。

在9月21日黎明，皇太后从北京以西约二十里的夏宫出发，前往紫禁城，宣布她第二次垂帘听政，将皇帝幽禁于一座湖心宫殿。康有为与梁启超在紧急关头，在英国与日本朋友的帮助下设法逃到了海外，而维新派的另六名领导人，即人们一直所称的“六君子”，被清廷捕杀了。被撤销的机关又恢复了，考试制度的改革被逆转了，官府中的所有维新派都被肃清，或被革职，或受到不同程度的处罚。维新结束了。9月25日，荣禄应召进京，袁世凯接任总督与北洋大臣，三天后其职又改由裕禄续任。9月29日，袁世凯从皇太后那里得到了丰厚的赏赐，因为他把死神之吻印在了百日维新的脸颊上。直到皇太后于1908年去世时为止，袁世凯一直是她的心腹。

短命的维新运动在中国历史上留下了经久不衰的印象，因为它标志着中国开始探索一种新的政治制度，希冀能够借此给民众带来和平与繁荣，给政府带来力量和权威。这种体制究竟应该是立宪君主制还是共和制？究竟应该是独裁的还是民主的？它的取得，应该是通过逐步的改革，还是通过一场革命？无论如何，很少有人赞成这个腐朽的王朝照原样存活下去。在这种探索中，不同经历和不同教育背景的人们注定会有分歧，而分歧往往会导致混乱。他们的经历或教育背景若非从侨居海外获得，便是从阅读外国书籍学习的。于是不同的国家给中国提供了不同的模式，还往往提供了相互矛盾的忠告。每个国家都热情地告诉中国该怎么做，于是中国因过多的信息与建议而困惑，这些忠告无助于公正而具有独创性的评判。于是在世界的眼光中，这个时期的中国显得昏乱、犹豫、摇摆而分裂，而由于“特许权之争”还在继续其无耻的进程，还会有更多的屈辱在等待着中国。