抗战爆发后，钱穆随北京大学师生流亡长沙、蒙自、昆明，继续教授史学。而这个时候，原设在山东省会济南的齐鲁大学，也在抗战中流落到四川成都，寄居于华西坝华西协和大学校园内。此时，顾颉刚已辞去燕大教职，先是组织一个西北考察团对西北边疆展开调查，后受云南大学校长熊庆来聘请，于1938年10月抵达昆明任云大教授。未久，北平研究院（南按：非中央研究院）迁至昆明，顾颉刚兼任该院史学研究所历史组主任。1939年春，齐鲁大学校长刘世传邀顾颉刚到该校出任国学研究所主任，顾氏认为齐大开列的条件对自己的生活与学术研究较为有利，慨然应允，并悄悄拉上正在中央研究院史语所整理甲骨的胡福林与西南联大任教的钱穆一道入伙。

胡、钱二人听从了顾的拉拢与鼓蛊，各托其辞溜出昆明地界悄无声息地来到成都，投奔到以顾颉刚为首的齐鲁大学国学研究所任职。后来顾钱反目，顾应朱家骅邀请出走重庆创办《文史杂志》，钱氏与胡福林等人勉力支撑。1943年秋，齐鲁大学国学研究所在经费短缺和人事纠葛、吵闹中停办，钱穆受华西大学文学院长罗忠恕之邀转入该校任教兼四川大学课业，胡留在齐鲁大学先后任中文、历史两系教授。抗战胜利后，北大复校，按钱穆的说法，“旧北大同仁不在昆明者，皆函邀赴北平，但余并未得来函邀请。”[1]于是在北大复员北上后，钱穆受邀来到昆明五华书院任教，其间与留在云南大学的刘文典和师范学院的罗庸过从甚密。1948年春，钱氏受邀由昆北返，到无锡西门外太湖之滨的江南大学任教。1949年春，国共内战的炮声已隔江可闻，钱穆决定再次“南渡”，并藉“春假旅行”名义只身“仓皇南行。当在广州华侨大学落脚后，国民党兵败如山倒，政府机关大部分迁广州，时任行政院院长的阎锡山邀钱氏等人到官邸开会，钱氏谓：“今日形势已非，前线军队在崩溃中，恐不可恃。政府远退在此，知识分子教育界可以人自为战，深入民间，当转上第一线。俟人心有定向，国事庶可挽回，政局可重建基础，然后军事始再可振作。余意仅盼政府多方注意国内知识分子，至少在当时负群望为众情所归者，须及时多联络，设一妥善之安排。”但会场无人理会，“仅发一场空言而止”。[2]从钱氏的发言中可以看出，此时他仍对国民党政权抱有一丝认同和企图挽大厦之倾的痴情。