据李东生著《北京古观象台与中西文化交流》介绍，在这批仪器制成四十二年后，德国传教士纪理安又监制了地平经纬仪；乾隆十九年，当时的钦天监监正、德国传教士戴进贤等，奉旨设计制作耗时十年之久的“玑衡抚辰仪”问世，代表了清代全盛时期冶金铸造技术、雕刻造型工艺的最高水准。一九零零年六月十日，八国联军入侵。覆巢之下，岂有完卵？德法之间几经交涉，后经协商，德国以观象台在其管辖之内，拥有优先挑选权，分得了明制浑仪、清制天体仪、玑衡抚辰仪、纪限仪和地平纬仪；法国分得了明制简仪、清制地平经纬仪、象限仪、黄道经纬仪和赤道经纬仪。法军劫走的五架仪器一直存放在驻华使馆内，后迫于国际舆论压力，于一九零二年归还我国；德国劫走的五架仪器，于一九零一年运往波茨坦，奉威廉二世皇帝的命令，安放在皇家花园橙园前的草坪上。钦天监的天文工作者，为使古观象台延续了四百余年的天文观测不致中断，特地赶制了小地平经纬仪和折半天体仪，并于光绪三十一年在紫微殿西北隅刻立石碑一通，“庚子构变，衙署焚毁，仪器荡然”等浸满血泪的字样现仍依稀可见。

第一次世界大战结束后，中国以战胜国身份参加了巴黎和会，我国代表郑重提出：德国须将掠走的天文仪器归还中国！后凡尔赛和约第一百三十一条明确规定：“德国将所有公元一九零零年及公元一九零一年德国军队从中国掠走之天文仪器在本约实行后十二个月之内概行归还中国，所有实行此项归还之举所需一切费用，包括拆卸安装、运送及在北京建设之费用在内，亦由德国支付。”

不可思议的是，一九二零年六月十日，这批天文仪器装上日船，准备运往天津港口。途经日本转口时，日本政府竟强行扣压了这艘日轮，企图以此为抵押，胁迫中国政府承认巴黎和会上规定的日本在山东享有的特权。一九二零年八月十四日，北京《晨报》以“日本抢夺我天文仪器，藉以胁我直接交涉”为题，引发舆论大哗，日方终未得逞。一九二一年四月七日，天文古仪运至北京后，由荷兰公使欧登蒂克出面将它们交与古观象台查收。至此，古台仪器重归旧位，恢复了乾隆年间的原状。利玛窦、汤若望、南怀仁、纪理安、戴进贤等先贤有知，亦当含笑九泉。

毫无疑问，南怀仁的种种举措和汤若望一样，最终的目的就是传教。尽管史上并未出现康熙信奉天主教的记载，但思想上还是受到了这位科学启蒙老师的重要影响。据《正教奉褒》记载，康熙帝曾于康熙五十年题诗于南堂，诗云：“森森万象眼轮中，须识由来是化工。体一何终而何始，位三非寂亦非空。地堂久为初人闭，天路新凭圣子通。除却异端无忌惮，真儒若个不钦崇。”又御题匾额：“万有真原”。可见康熙帝对天主教的教义已具备较深理解，南怀仁这方面的努力并未付之东流。

斯人已去，故事和作品及书籍却永远留了下来，岁月漂移中，古观象台永远记载并怀念着这些来自异国、为了中华文明进步做出不懈努力的人们！