韩嘉树继续制作、贩卖吊床，也开始讲道，举行复兴布道会——这有助于增进他的英文能力。一八八五年五月二十八日，他从范德比毕业；七个月后，陪同医生传教士柏乐文（W.H. Park）坐火车前往旧金山，搭上邮轮取道横滨，前往上海。九岁离家的韩嘉树，返国时已经二十岁。一八八六年元月，船于上海靠岸，此时，他已暌违故国近十二年。

韩嘉树一到上海，立刻向林乐知报到。林乐知主持的南方卫理公会中国布道团有六名传教士。林乐知是精英分子，不重视向大多不识字的农民口头传播福音。用他自己的话来说，林乐知服务上帝和卫理公会，以传教士身份派到“一个由知识贵族统治的帝国，对他们而言，只能通过印刷品来诉求”。他在上海公共租界的住家门上悬挂牌子，宣称这是官邸；而且除了政府官员、特别的学者和仆人（他要求仆人身穿纯白制服）之外，从来不邀一般中国人作客。

韩嘉树抵达之前，林乐知致函理事会，对这位新来的传教士及其薪水颇有微词：“他还有两天就要到了，我还不晓得理事会希望如何对待他……我们英华书院（Anglo-Chinese College）的年轻人比他优秀得多，他们英、中学问都比他好……韩嘉树绝不会成为汉学家，充其量只是个失去民族特性的支那人，他会不满意、不快乐，除非他被派的位置和支付的薪水远超过他应得的——结果将是我发觉我们的教友谁也不愿接纳他。”

其实不想要韩嘉树的人就是林乐知。林乐知立刻派韩嘉树去和柏乐文一起住。才几个星期，韩嘉树就又奉令搬去和一个没什么知识的本地牧师一起住，学讲上海话。在派发第一份工作前，韩嘉树请示林乐知，他能不能先回海南岛探视阔别十年之久的双亲。林乐知表示不行，必须等到半年后过年时，其他传教士也休假时才行。不准假，并非不合理，但是表达的方式伤了韩嘉树的自尊。林乐知不是唯一看不起他的人。韩嘉树的同胞也认为他是个“失去民族特性的支那人”，虽是中国人，却不会说他们的方言，和他们的生活习惯也完全不同。教会里只有一批人属于韩嘉树在美国所学的“民粹派福音神学”（populist evangelism），他们也和韩嘉树一样厌恶林乐知的专断。这群人在韩嘉树抵达后不久，在日本设立教会；韩嘉树请调，又得不到批准。他被派到上海郊外一个村庄，去向一群已经改信基督教的中国人传道，并负责教导这些信徒的子弟——总共有十二名不怎么爱念书的农村小孩。