武力试探是派兵劫寨。先是长白山所属朱舍里、讷殷二部偷袭努尔哈赤所属东界洞寨。以后，万历二十一年（1593年）六月，叶赫会同哈达、乌拉、辉发四部兵力，袭劫建州户布察寨。此次劫寨，以努尔哈赤反击哈达部的富尔佳齐寨大告全胜而结束。

大举进攻是九部联军联合进击建州。万历二十一年（1593年）九月，以叶赫贝勒布寨、纳林布禄为首，纠合哈达、乌拉、辉发、朱舍里、纳殷、科尔沁、锡伯、封尔察，共为九部，合兵三万，兵分三路，向建州苏克素浒河的古勒山挺进。面对九部联军，努尔哈赤祭拜天地：“皇天后土，上下神祇，努尔哈赤与叶赫，本无衅端，守境安居，彼来构怨，纠合兵众，侵凌无辜，天其鉴之。”从中可见，建州与叶赫积怨之深。古勒山之役，努尔哈赤又获全胜，斩杀4000人，缴获战马3000匹，铠甲1000副。在战斗中，布寨被建州兵士武谈斩杀。纳林布禄见其兄被杀，昏倒在地。战后，“北关请卜酋（布寨）尸，奴酋（努尔哈赤）割其半归之。于是北关遂与奴酋为不共戴天之仇” 。努尔哈赤把布寨的尸体割一半归还给叶赫，这也未免太不人道了。但这也正说明了他们之间的仇恨之深。

第三个时期，建州主动进攻阶段。古勒山大战之后，努尔哈赤采取主动出击战术。战后，布寨之子布扬古，纳林布禄之弟金台石继为贝勒。万历二十五年（1597年）布扬古表示愿将其妹嫁给努尔哈赤为妻，金台石也表示愿将其女嫁给努尔哈赤之次子代善为妻。叶赫欲以婚盟取悦于努尔哈赤，双方关系有所改善。但不久，纳林布禄又将金台石许给代善的女儿转嫁给蒙古喀尔喀部贝勒斋赛，盟约遭到了破坏。万历三十一年（1603年）九月，努尔哈赤因孝慈高皇后病危，特遣使至叶赫迎接岳母，纳林布禄不允，只派了孝慈高皇后乳母的丈夫南太前往探视。努尔哈赤气愤地对南太说：“汝叶赫诸舅，无故掠我户布察寨，又率九姓之国，合兵攻我。汝叶赫、哈达、乌拉、辉发四国，因起兵开衅，自服厥辜，刑马歃血，祭天盟誓，愿联姻通好。汝叶赫背盟，将许我国之女，悉嫁蒙古。今我国妃病笃，欲与母诀，又不许。是终绝我好也。汝如此，两国已复相仇，我将问罪汝邦，城汝地，不汝讳也。” 孝慈高皇后不久便病逝了，努尔哈赤怀着极大的悲恸，“丧殓祭享，仪物悉如礼，不饮酒茹荤者逾月。越三载，始葬尼雅满山冈。”

万历三十二年（1604年）正月，努尔哈赤出兵攻叶赫，拿下二城、七寨，俘获两千余人。万历四十一年（1613年）正月，努尔哈赤消灭乌拉，乌拉贝勒布占泰逃往叶赫。努尔哈赤多次索取，叶赫置之不理。九月，努尔哈赤率兵四万攻叶赫，攻下大小城寨19处，全胜而还。

努尔哈赤先后灭掉了哈达、辉发、乌拉三部，叶赫势孤力单，向明廷求援，明廷遣使令努尔哈赤“自今以后，勿侵叶赫”。并派游击马时楠、周大岐“率练习火器者千人，守卫叶赫二城。”