因意识形态上的分歧，也因中苏两国领导人性格上的差异，毛泽东和赫鲁晓夫翻脸了，中苏关系由蜜月逐步走向政治上的对抗到军事上的对抗。

1962年春夏之交，由于苏联的策动和破坏，发生了震惊中外、影响极大的“伊塔事件”。5月29日这天，在没有任何征兆的情况下，大批拖儿带女、赶着牛羊的边民涌向伊犁霍尔果斯、塔城巴克图等口岸，他们手里拿着清一色的“苏侨证”，高呼“我们要到苏联去”。滚滚人流潮水般涌过中苏边境，最终6万多边境居民去了苏联，甚至有一部分党员干部也参与了外逃，伊塔两地有的边境县市党的基层组织一时陷于瘫痪。很多地方十室九空，合计损失牲畜30多万头，40多万亩土地没人耕种。

周恩来总理闻讯忙向毛泽东主席汇报情况。身居中南海的毛泽东望着窗外的百年古柏沉思片刻说，我看愿意走的不要硬留，我就不相信那边就是天堂，我也不相信他们这样做就是马克思列宁主义！

在周恩来的命令部署下，新疆生产建设兵团派民兵和职工赴伊犁、塔城边境阻止边民外逃，实行“代管、代耕、代牧”。根据中央和自治区党委、政府的要求，伊犁区党委积极采取多种措施处置边民外逃事件，开展“三个一”教育和爱国主义、社会主义教育活动，重点放在党员训练和整顿农村党的基层组织工作，严肃处理共产党员参与外逃事件，通过开展镇压反革命和里通外国的斗争，力求纯洁党员和干部队伍。

事实胜于雄辩，很多逃到苏联那边的人都后悔了。不管是知识分子、党员干部还是普通农牧民，统统被苏联人派往边远地区放牧，一待就是10年或是一辈子。他们像是被流放到荒无人烟的地方，与子女与牛羊为伴，遭受当地人的白眼和歧视。苏联对新疆外逃人员的不满情绪有所察觉，进行了安抚，并试图遣返部分人员，但遭到中方拒绝。苏联解体后，百姓生活水准大幅下降，当年逃亡苏联的一些人试图返回新疆，未能如愿，流下悔恨的泪水。

1963年9月，毛泽东主席对新疆工作作出指示，新疆要做好经济工作。农业、畜牧业要一年比一年发展，人民生活要一年比一年改善。不仅要比国民党统治时期好，而且要比现在的苏联好。同时要加强思想政治教育，注意搞好民族关系，增强民族团结。大力发展生产建设，努力改善人民生活。

这一时期，新中国正处在社会主义建设的摸索阶段，在“左”倾思想的影响下，社会生产和生活秩序被破坏，社会主义道路出现了坎坷和波折，社会经济发展停滞不前，为“文化大革命”的发生埋下隐患。

“文化大革命”时期，伊犁党组织遭到严重破坏，直至1971年之后，各级党组织才逐步恢复。历时10年的“文革”结束后，伊犁自治州党的组织建设经过两年的徘徊后进入拨乱反正阶段。尤其是党的十一届三中全会召开后，实事求是的思想路线得以恢复，确立了“一个中心、两个基本点”的基本路线，在大力发展经济建设和加强社会主义精神文明建设的同时，加强各级党组织的自身建设。至1984年年底，自治州有基层党委359个，党总支216个，党支部6287个，党员总数达6万余人。