震旦大学借地于耶稣会在徐家汇的天文台内，师资也由教会支援。“震旦”是中国的古称，来自梵文，中文字面上又有“日出东方”的含义，借这个生机勃勃的名字，马相伯此时此刻找到了自己的使命。马相伯所设计的震旦不是英美式学院（College），而是欧洲文艺复兴以来研究学问的学者团体、学院（Academy），或者是更古典式的柏拉图式“学园”（Academy），提倡学生在辩论中发展独立思考能力和表达能力。马相伯所理解的欧洲Academy与中国传统书院有某种相似性。在震旦，教，注重指导门径；学，力求启发学生独立研究问题的能力。所以，马相伯本人在震旦的角色可谓“柏拉图”，亦可谓书院的“山长”。

震旦的行政管理由学生选出代表承担，学校的所有成员享有自治、自主的权利。当时帮助马相伯办学的学生邵力子、于右任等，均成为中国近代史中可圈可点的人物。

震旦学院宣布成立，当时流亡日本的梁启超立即著文称善：“吾今乃始见我国得一完备有条理之私立学院，吾喜欲狂。”马相伯为学校规定三条原则：崇尚科学，注重文艺，不谈教理。“欲革命救国，必自研究近代科学始；欲研究近代科学，必自通其语言文学始。有欲通其外国语言文学，以研究近代科学，而为革命救国之准备，请归我。”

马相伯有很多的创造，比如他主张文理并重，主张要打好语言的基础，主张必须训练严格的逻辑思维。现在中国最早的形式逻辑的教科书是马相伯编的。我们今天说，中国学生原创力不够，其实这个问题马相伯当时就已经发现了，他所设计的课程、教育方法，都有助于提高学生的原创力。还有一条，他认为教育要自立，希望学术独立，思想自由。

在震旦学院，马相伯是非常爱护学生的，他重建了孔子以来“有教无类”的传统，只要有才华的人、愿意学的人，他一律收入门下。于右任就是非常典型的例子。1904年，于右任因作诗讽刺慈禧太后卖国，遭到通缉，逃到了上海。马相伯将他收入门下，免学杂费，以化名“刘学裕”（即“流亡学生于”谐音）入读震旦，并对他谆谆教诲：不以空言抒愤，救国必先科学。后来于右任曾有联：生我者父母，育我者先生。

学术独立，不谈教理

“不谈教理”的办学理念，使马相伯和作为主办方的耶稣会有着不可调和的矛盾。耶稣会希望震旦是法国式的教会学校，学生要遵从教规。这和马相伯的办学初衷相违背，他为震旦制定的办学原则是：崇尚科学、注重文艺、不谈教理。法国传教士认为学生既然到了教会的学校，就应该把宗教课变成必修课，这等于强迫信仰，这是马相伯最反对的。

1905年年初，冲突演变的结果是耶稣会出手驱逐马相伯，让他“无病而入病院”，欲夺回震旦的控制权。但神甫们忘记了，震旦的首批学生，部分来自堪称学生运动策源地的南洋公学，岂是唯唯诺诺之辈。在校务行政上，震旦是实行学生自治制度的，学生遂推举沈步洲为会议主席，决议退学。沈步洲取出信笺两卷，放在讲台两端，一为签留，一为签去，结果全校132名学生中有130名签名退学。

退学学生推举邵力子、于右任等7名学生代表，事后找到马相伯，说：“马院长，我们已经退学了，但是我们还要读书。”马相伯看到退学学生签名簿时老泪纵横，他冒着再次和教会决裂的风险，决定站在学生一边，另办新校。

1905年9月，经过马相伯、严复和退学学生领袖叶仲裕、于右任等人数月的奔波筹划，复旦公学在吴淞成立。“复旦”一词，取自《尚书大传》中虞舜传位给夏禹时所唱的青云歌“日月光华，旦复旦兮”，可以释义为“明天太阳照常升起”，既寓意新学校像朝阳一样，也有光复震旦的意思。