1954年8月，杨奇清自武汉调回北京，被任命为公安部党组副书记、副部长，分工主管侦查、文保、预审等工作。

1955年4月，以周恩来为首席代表的中国代表团拟出席在万隆召开的亚非会议。这次会议标志着亚非国家掌握自己命运的新的历史时代已经来临，出席这次会议也是中国共产党在新中国成立后的第一次重大外交活动。帝国主义和反动势力对这次会议极端仇视，派出大批间谍特务破坏分子，力图阻挠会议的顺利进行。美国派出了由70人组成的“记者团”，其中不少是专事搜集情报、挑拨离间的特务。台湾国民党特务机关也紧急制订了一个“消灭中共政府代表团”的计划。

中共中央对参加亚非会议高度重视，经过研究决定了中国政府代表团成员名单以及随同代表团的记者、保卫人员等。同时，公安部收到了来自海外的情报，获悉了台湾当局将针对中国政府代表团进行恐怖行动，而且以美国为首的力量也将针对亚非会议采取阻挠、破坏等活动。中央决定将确保中国代表团绝对安全的任务交给杨奇清，让他以中国政府代表团顾问的身份随团前去，负责安全保卫与情报工作。此外，杨奇清建议中央警卫局副局长李福坤参加。

很快，杨奇清调集了有关这次亚非会议及其举行地印度尼西亚万隆的资料、有关中国政府代表团包租客机的印度国际航空公司的资料，仔细研究后制定了一个完整的保卫方案，然后来到中南海西花厅向周恩来总理和陈毅副总理汇报。其间，周恩来拿起一份邀请电，说：“缅甸政府发来了邀请电，希望我们中国代表团能先到他们那里进行访问，以便就万隆会议的有关问题进行磋商。我和陈老总已经商量决定了，接受缅甸政府的邀请，代表团主要成员先去缅甸。代表团的八名工作人员与越南、波兰、奥地利的各一名工作人员乘坐另一架飞机。”

杨奇清又报告了公安部刚获悉的几方面情报：美国雇用的特工人员与蒋介石集团的秘密组织已纠结在一起，由“保密局”的少壮派将领、情报局督察室主任叶翔之坐镇香港指挥，目标就是破坏中国代表团所乘坐的飞机，以达到谋杀周恩来总理为首的中国代表团、破坏亚非会议的罪恶目的。陈毅激动地站了起来，愤愤地说：“又是阴谋诡计，暗杀破坏！这帮龟儿子，硬是要和我们过不去啊！”周恩来冷冷一笑，风趣地说：“他们呀，就爱搞这一套吓人战术，真是‘江山易改，本性难移’喽！”

于是，周恩来派中国外交部欧洲司副司长张越向英国驻华代办处参赞艾惕恩通报紧急情况，告知中国政府代表团等一行11人，将由香港乘飞机去万隆参加亚非会议，请其转告香港当局防止国民党特务的破坏行动；同时，又由新华社香港分社将上述情况再正式通知香港当局，并派专人通知印度航空公司驻香港经理。

为此，中国政府代表团成员分乘两架飞机：由“克什米尔公主”号承载中国代表团工作人员石志昂、李肇基、钟步云，记者沈建国、董作梅、杜宏、李平、郝风格，越南民主共和国代表团工作人员王明芳，波兰记者斯塔列茨，奥地利记者严斐德等人，从香港起飞。而周恩来、陈毅、杨奇清等人先乘车去昆明，从那里登上“空中霸王”号飞机，应吴努总理的邀请，飞抵缅甸，进行访问，并就参加亚非会议的有关问题进行磋商，然后再由缅甸飞往印尼万隆。