他任二支队司令后，手下的部队计有新三团、新四团、独立一团、独立二团的部队，人数二千左右，装备十分落后，部队的军事素质一般，面临的形势远比陈、粟的江南指挥部要严峻的多，后来的经历也证明了这一点。11月下旬，他由丹阳地区回到茅山根据地，与廖海涛会合，一同到达竹箦桥 、水西、陶林、棠荫一线，准备接运皖南新四军第一批经苏南去苏北的人员，此时日军对丹北、茅山地区持续反复“大扫荡”，形势十分危险，他令独立二团和长滆人民自卫团向南移动，负责监视溧阳、张渚方向的国民党军队，新三团留在茅山地区敌后游击，12月初，日军又对茅山地区进行大“扫荡”，在中心区、延陵、九里、丁庄、西旸、蒲干、柳如、茅麓公司等筑下20余处据点，大肆烧杀抢掠。同时，切断了茅山通往丹北转赴苏中地区的南北交通线，使新四军军部先期撤出的经苏南北上的第一批人员，不能通过京沪铁路封锁线，而被迫滞留在茅山地区。他针对形势，当机立断，作出部署。新三团分散留在茅山地区，廖海涛率四团一个营插入太滆地区，他自己则率二支队司令部及四团的两个营留在溧阳、溧水地区，准备迎接新四军军部及皖南部队经苏南北上。

四一年一月四日，他收到军部发来的电报，获悉皖南部队已由泾县云岭出发。当晚他率司令部移到溧水地区经巷宿营，向西与四团靠拢。7日，又接军部来电，得知皖南部队在移动中遭国民党军队拦截袭击。13日，他率部在溧水尤村宿营时与军部电台联系中断。14日以后，呼叫不出，不明战情。后来，他才从国民党和日伪出版的报纸上获悉皖南事变中新四军军部被围歼的详细消息。

可以说他在苏南承受的压力丝毫不亚于在岩宁连根据地的压力。

皖变后，他率部几乎是天天战斗，夜夜移营，有时竟一日数战，一夜三移营，他依靠二支队的力量在各县武工队和秘密交通站的帮助下，克服许多无法想象的困难，把皖南事变前从军部撤出的人员和“皖南事变”中分散突围的同志，如傅秋涛、江渭清、胡立教、杨帆共1000余人经过苏南，先后安全转移到苏北。

但是战争还是一个接一个，先是在2月20日发生西施塘战斗，战友、妻子柳肇珍殉难，然后接连在扶风桥、芳桥、屺亭桥战斗，几乎没有喘气的机会。在三月成立六师，他被任命为参谋长，四月成立十六旅，他兼任旅长。由于太滆地区实在不利发展，他率队进入两溧，在黄金山地区与顽军四十师激战四天，三战三捷，才使十六旅站稳脚跟，这以后形势渐见好转，茅山根据地逐渐恢复。