战争虽然已近尾声，但留下了一个巨大的废墟，要修复重建，也许要花上比破坏多一倍的时间。兵燹最重的地区，如两湖、江浙、两淮等地，一向是全国最重要的财赋之区，战后一片萧条。呤唎在《太平天国革命亲历记》中，引用报纸《上海之友》上的文章：“在通往无锡的路上，遍地荒芜，荆草漫生……可是沿途布满了数不清的白骨骷髅和半腐的尸体，使人望而生畏。这里没有做买卖的船只，商业绝迹。无锡已成一片废墟……到常州府，沿途九十五里，仍旧是一片荒芜凄惨的景象，不见一个做工的人，遍地荒蒿，杂草没胫……到达了丹阳与常州府之间的一个村庄陆泽，此地片瓦不存，不见一个人影，虽然前面五里之处设有一个厘卡。”

“大兵如市，人死如林，持金易粟，粟贵于金”，汉代童谣中的悲惨景象，复见于今日。对这种景象，史家站在不同立场，引用不同的史料互相批评，或归咎于太平天囯，或归咎于官军，但站在老百姓的立场，被太平军毁掉家园，与被官军毁掉家园，究竟有多大的区别呢？

李鸿章曾哀叹“七百有三十年无此大劫”，没有二三十年时间，难以复原。然而，这时国内外形势，依然风雨飘摇，太平天囯余波未了，捻军之乱又乘风兴浪，可供朝廷和地方政府采取的复兴措施，寥寥无几。

同治二年（1863）收复苏州后，李鸿章在各乡镇设立难民局，收养流离失所之民；又令各地绅董设立善后局。他最重要的措施是“招垦抚恤”，资遣难民回籍十余万人，并发耕牛、种子，招集流亡垦荒。同治三年（1864）八月，李鸿章在奏章中说：“今全省虽就肃清，而被扰各属人民稀少，田野荒芜，蚩量孑遗，仍多冻馁而死，臣职司守土，方救死扶伤之不暇，日与官绅谋所以招垦抚恤之方，但苦无款可筹，何忍于灾区再有朘削？”

由于战乱，江、浙、皖三省受灾最严重，许多原来的豪门大户都已家破人亡，时人描述：“几于百里无人烟，其中大半人民死亡，室庐焚毁，田亩无主，荒弃不耕。” 乡间的鱼鳞册、黄册几乎全部毁于战火，田产契据亦大多散失无存，导致地价暴跌。江苏嘉定“原地价每亩至二十余金，地狭民稠之处，有贵至四五十金者”，战后“亩不过三五金”。 从地价的低落，也可以看出人们对垦复缺乏热情。虽然政府推行招垦政策，但面对“百里无人烟”的乡村，招魂比招人更容易。

曾国藩哀叹：“纵有城池克复一两年者，田地荒芜，耕种无人，徒有招徕之方，殊乏来归之户。” 他只好从外省招人来开垦，但这些人来了，又引起土客之争。后来报纸有这样的描述：“同治初年，有创议令楚南北之人挈室来佃此土者，于是趾踵相接，蔽江而至。至则择其屋之完好者踞而宅之，田之腴美者播而获之。不数年，客即十倍于主，因是有客民之号。客民既众，贤愚不一，掘人坟墓，伐人树木，拆人墙屋，抢人稼穑，无日不有，无处不有，习以为常，殊不为怪。”

这种情况，江、浙、皖各省皆然。在安徽南陵，太平天囯失败后，“土著死亡殆尽，地广人稀，劳工缺乏，少数遗民，皆不欲多占土地，以负纳税义务，因致土地几等无价值，乃有他处豪富，多量收买，而造成四家大地主，此即称为某某堂者也，其有田最多者，约两万余亩” 。