1965年9月，希拉里进入韦尔斯利学院，这个来自帕克里奇的女孩子并没有在一开始就适应新的环境。当时，美国人对越南战争和国内的种族歧视越来越不满，这种政治气候也蔓延到了韦尔斯利学院。该学院的校训是“宁可照顾别人，也不要被别人照顾”。这条校训很符合希拉里的胃口，因为这跟她从小受到的教育是一致的。

这时的韦尔斯利学院也因美国社会变革期的到来开始了改革。社会上兴起了民权平等和公民自由思想，原本只接受贵族白种人女子的韦尔斯利学院也开始接受黑人学生，最初这些黑人学生令那些白人学生感到恐慌和厌恶，不过希拉里从未对他们产生过任何偏见，她不仅主动跟她们说话，还亲自组织了一次全校范围的会议，邀请黑人和白人一起参加。

作为一个来自中西部的乡下女孩和受父亲影响的保守派分子，希拉里在韦尔斯利学院感到自惭形秽。在一群条件优越、才情过人的女孩中间，她显得那样土气和狭隘。她的同学很多都周游过世界，有开阔的眼界，或者懂得多门语言；有一些在顶尖的高中上过学，教育基础非常好；而且她们懂得时尚，举手投足之间充满了魅力。在这样的环境里，希拉里需要付出更多努力，才能勉强跟得上同学们的步伐，这让她感到有些力不从心。由于她总是自以为落于人后，所以她有意识地尽量不跟人交往，她总是用眼镜遮住自己的面容，将头发简单地扎起来。所以有些同学说她是一个冷漠、害羞、不合群的女孩，还是个只喜欢读书的书呆子。

这一切让希拉里感到非常孤独和失落，一度十分后悔自己的选择，常常打电话回家诉苦，说自己适应不了大学的生活，恐怕难以顺利毕业。多萝西劝说女儿不要做逃兵，于是希拉里咬着牙坚持了下来。对于自己下定决心要完成的事情，希拉里会用非凡的毅力去坚持。渐渐地，希拉里重新找到了自信，她开始结交新的朋友，并努力使更多的功课获得A。这个活跃的女孩仍然喜欢竞争，大一时，她就进入了韦尔斯利学院青年共和党俱乐部的领导层，大一下学期，她又当选为该俱乐部的主席。

不过，因为当时民权、越南战争等问题引人注目，希拉里渐渐开始对共和党的相关政策产生质疑，慢慢成为党内的自由派。她开始接受不同的信息，比如阅读《纽约时报周刊》，这让她的父亲非常恼火，他强烈反对女儿的做法，鄙视她越来越明显的女权主义、反战思想和平等观念。韦尔斯利学院的教授们远比帕克里奇的中学教师们思想开明，他们不论属于哪一个派别，都不会狭隘地盲目信从。希拉里开始重新审视着自己的观点，反思从小造就的保守立场，开始有了独立思考的能力。

很快，希拉里觉得自己的观点已经无法和共和党保持一致，她毅然辞去了韦尔斯利学院青年共和党俱乐部主席的职务。毕业之前，希拉里一直都坚定地反对越南战争，并有意识地和黑人同学走得很近，她会与黑人同学一起去教堂做礼拜，这在当时的环境下，是很大胆、很前卫的表现。但在大一时希拉里就认为，陪同一个黑人去教堂的白人女孩是很开明的，她一直试图成为那样的女孩。

慢慢地，希拉里不但完全适应了大学生活，而且变得积极活跃、惹人喜爱。她天生就是一个领导者，处理各种事情果断坚决，与同学、老师、学校管理人员的关系都处理得很好。大三时，希拉里开始竞选学校的学生会主席，她用了三个星期的时间去各个宿舍宣传，告诉同学们她将如何使大家的大学生活更优质。她总能够站在多数同学的立场上去考虑问题，如果学生们不喜欢饭前祈祷，那希拉里就会在竞选中呼吁废除它们；如果严格的课程安排令学生们烦不胜烦，她就会去请求校领导们放宽对此的要求，而且她理由相当充分—这会令学生们的选择权和学习的灵活性受到限制。