造成农村经济困难的原因是多方面的。

一是土地兼并。清朝土地兼并非常严重，满族入关后，大规模的暴力圈夺土地，大量耕地集中在皇帝以及贵族地主手里。嘉庆年间，北京周围拥有皇庄最多，达539个，占地面积共计9650顷49亩有奇；盛京、锦州、热河、归化等地均有皇庄，分别占地7147顷16亩、12268顷26亩、5275顷84亩有奇、1014顷、147顷、270顷；一些大地主、大官僚纷纷占并土地，乾、嘉之际有名的贪相和珅，占有土地80多万亩；道光年间，大学士、直隶总督琦善占有土地256万余亩；有钱的商人纷纷购买田地。失去土地的中小地主与农民成为流民或佃农。

二是人口激增。晚清一个最显著特点是人口的增长。1792年雍正实行摊丁入田的税收政策，这一政策极大鼓舞了人口的繁殖。到19世纪初人口出现一个高峰时期，嘉庆元年全国人口据清史稿记载是2.7亿，但实际上应该超过3个亿，因清史稿记载乾隆时期全国人口已经达到3亿。道光末年全国人口达到4.1亿，与乾隆六年比，净增2.7亿。（见崔之清主编、南京大学出版社2002年5月第一版《太平天国战争全史》第一卷第3页）以曾国藩家论，曾国藩祖父生育两个儿子，而曾麟书则是五子四女。19世纪时，中国农村家庭人口平均为5名左右，劳动力一般是2名，人均拥有可耕地为1.75亩至2.3亩。亩产粮食平均2.5石计370市斤。人地矛盾突出，相同的土地养不活激增的人口。

三是银贵谷贱。当时苏、松、常、镇、太等地，是全国产粮最好的地区，亩产米自一石五六斗至二石不等；除去佃户平分之数与抗欠之数，业主所收不过八斗。八斗除去额征之粮、漕斛、帮费计六斗，业主只获二斗。缴纳国家税收“收本色者少，收折色者多”。本色就是缴粮食，折色就是折成银两上缴。东南地方一般是3000钱买一石米。以前是一两银子换1000钱，一石米可以换3两银子；到了咸丰初年，一两银子换2000钱。银价涨一倍，钱价跌一倍。农民上缴折色，增加了一倍的收入。缴不起，就拖欠。所以到“道光十五年以前，江苏尚办全漕，自十六年至今，岁岁报歉，年年蠲缓，岂昔皆良而今皆刁！盖银价太昂。”缴不起，就预征，今年收明年，叫做“截串”之法。这个办法的实施，加剧了农民的负担，有的地方收到了孙子、玄孙一辈，官民矛盾更加加剧，引发了各地农民起义闹事。

四是天灾人祸。自然灾害层出不穷，此起彼伏。南方的水灾、北伐的旱灾、黄河的泛滥，几乎年年有。因灾害减免钱粮是清朝的一项重要政策，据统计在康熙执政的六十年里，康熙免除的全国钱粮累计达到9000万两。1841-1843年黄河三次大的泛滥，1846-1850年长江、黄河流域1100个州县有不同程度不同种类的灾害。鸦片战争至1850年太平天国战争爆发，期间灾害连连，饥民、游民遍地。