经过激战，太平军戴王黄呈忠、首王范汝增受重伤撤退，法舰长耿尼亦被击毙，由“孔夫子”号舰长勒伯勒东继任统领。此外，刁乐克在宁波当地招募了中国游民1 000人，由英军军官训练、统带，组成中英混合军，称“常安军”和“定胜军”，又称“绿头勇”；不久，法国人宁波海关税务司日意格等，也招募了400名士兵，头戴花巾，称“花头勇”，后陆续扩充至1 500人，组成中法混合军，取名“常捷军”。中英、中法混合军成立后，就伙同清廷已革道台张景渠，攻占慈澳、余姚，夺得奉化。此后，双方展开了拉锯战。

这时，清廷还应法国公使之请,任命勒伯勒东为署浙江总兵，带“常捷军”1 500人防守宁波。宁波作为对外贸易的一个重要口岸，在军事上居于重要地位。通过宁波，既可以输入军火、粮食等重要补给品，又可以取得海关税这笔重要收入。因此，左宗棠对宁波是很重视，他委派史致谔署理宁绍台道，并明确指出：“浙中饷源全在宁波海口，此处无人筹划，终无自立之理，仰面求人，其效已可睹也。”

同治二年正月二十六日（3月15日）,清军占领绍兴，而“常捷军”头目法人勒伯勒东被太平军击毙。镇海、台州等地，也先后被地方地主武装和中英、中法混合军所夺占。二月初，张景渠又占领萧山，逼近杭州。这样，浙境太平军的力量更为削弱，“金华、龙游、严郡、温、台等处陆续退守，兵屯富阳”。李秀成的部将听王陈炳文、归王邓光明亦增援富阳，以保杭州。二月，左宗棠水师由副将杨政漠率领在富阳击毁太平军船只数百艘，太平军全局崩溃已不可避免。曾国藩对此十分高兴，致函左宗棠说：

阁下受事于糜烂之后，如大海巨飓橹倾楫摧,一理阴云解驳，稍睹畔岸，远近智愚，畴不怍慰！

皖南太平军为牵制左军东进，分两路由皖入赣,以拢左宗棠后方：一路由歙（shè）县、休宁准备越过婺源，直取江西的德县、乐平；一路由黔县准备越过祁门进取江西浮梁、景德镇。为巩固后方，左宗棠不得不将刘典一军8 000余人调回建德（严州府治）转向皖南。这时由左宗棠直接指挥的兵力虽有3万余人，但相当分散，除刘典、王开琳两军一万余人（王开琳部3 000余人）部署在皖南外，还有万人左右分守下游的新城、桐庐和上游的淳安、遂安以及衢州、金华、严州等地。进攻富阳的部队只有蒋益澧1万多人，加上军饷缺乏，瘟疫流行（左宗棠军前后病死4 000多人），所以在富阳与太平军相持五个多月，毫无进展，左宗棠自己也得了疟疾，陷入一筹莫展的境地。最后他决计求助于法国人组织的洋枪队。同治二年七月二十六日（1863年9月8日），左宗棠将浙东德克碑的“常捷军”1 500人调至，配合蒋益澧进攻富阳。八月初七日（9月19日），清军与“常捷军”联合攻破富阳城外卡垒，翌日占领富阳城，高连升部亦破新桥，并进而攻杭州。九月初六日（10月18日），太平军听王陈炳文、归王邓光明集中一万余人分四路反攻，被击败。十月十八日（11月28日）太平军再次从杭州反击，又被高连升与“常捷军”击退。十一月初十日（12月20日），左宗棠从富阳赶至余杭督师，双方在杭州、余杭展开了激烈的争夺战。

曾国藩为了迅速绞杀太平天国运动,在夺得安庆重镇之后，他进一步加强了进攻部署。早在同治元年三月（1862年4月），他派李鸿章率领淮军至上海，以上海为基地，全面进犯苏福省。同年四月又让其弟曾国荃率湘军东下，围攻天京。加上左宗棠率部进入浙东，攻陷富阳、扑犯杭州，太平天国处于三面夹击之下，完全陷入被动挨打、其防线逐步瓦解的局面。十月二十四日（12月15日）太平军的长江下游的主要城市苏州失守，守城将士也出现了变节投敌的情况：其守将郜永宽等八人刺杀了慕王谭绍光，向淮军投降。叛变事件也在浙江不断出现。从同治二年十一月初七日到同治三年正月初八日（1863年12月17日到1864年2月25日）。