九月，太平军余部分四路向福建挺进。来王陆顺德从广东大埔北上，占领闽南永定县，再往北进取龙岩府；侍王李世贤率军自江西南安府越梅岭入广东进攻南雄，后撤围经平远、镇平、大浦等地，九月十四日（10月14日），东向进克闽东南的漳州府，毙清漳州镇总兵禄魁、汀漳龙道徐晓峰和漳州知府扎克丹布等；天将丁太阳、林正扬等于九月中旬由江西云都、瑞金南下入闽境，十月十六日（11月14日）占领闽西南的武平，擒斩老湘营大将张运兰（时任按察使），随后东走永定。同时，康王汪海洋、佑王李远继、偕王谭体元、祥王黄隆芸等占领江西新城县，旋经宁都、瑞金进入福建汀州境内之灌田。据称，同治三年秋，进入福建的太平军总数在30万人左右。这使闽浙总督左书常极为震惊。他奏请清廷以蒋益澧护理浙江巡抚，以杨昌浚署布政使，自己亲自赴闽督战。

十月二十八日（11月26日），左宗棠从杭州出发，挥清军分两路进入福建：西路饬帮办福建军务刘典率所部新军8 000人由江西建昌赴汀州府。又奏请清廷以记名臬司王德榜署福建按察使，带所部五营（约2 500人）自江西瑞金入汀州会合作战：中路以提督黄少春、副将刘明珍两军共4 000多人由衢州、江山取道福建浦城、建宁赴邵武一带接防，腾出康国器一军进攻漳州府；东路则以署浙江提督高连升部4 000人、知府魏光邴部500人由杭州东赴宁波，雇轮船由海道赴福州，出兴化（今莆田）、泉州。

十月上旬，原奉檄力图泉州、厦门的署福建陆路提督林文察，偕同副将惠寿率军进攻漳州。李世贤督军反攻，击破了惠寿的营盘，林文察退守玉洲。

十一月初三日（12月1日），李世贤率军主动出击，分别进攻万松关、瑞香亭陆路各营及镇内水营，阵斩林文察，并打退了署福建水师提督曾玉明的援军。十一月十九日（12月17），汪海洋、李远继、谭体元等于汀州上杭、连城间之南阳、新泉等地，大破左军西路刘典部，斩副将卢华胜、参将刘教廷，进占杨家坊。翌日，刘典退守连城，王德榜、王开琳等从汀州赴援。二十七日（12月25日），左宗棠率军行抵延平（即今南平县），护理浙江巡抚蒋益澧派署衢州镇总兵刘清亮率3 000人援闽。当时在福建的太平军，主要有两大支：李世贤以漳州城为中心，占有南靖、云霄（均属漳州府）、龙岩（属龙岩州），永定（属汀州府），拥众10余万；汪海洋约有9万人，扎老营于长汀、连城、上杭（均属汀州府）交界的南阳，分军守吉田、下车、南岭一带。这样，闽西南大部地区一时均入太平军版图，声威大振，形成了一个新的基地。左宗棠这时深感兵力不足，以自己所部的两万余人，加上协同作战的闽军、粤军亦不过四五万，不仅双方实力悬殊，而且左宗棠说：“李、汪诸逆狡悍凶顽，倍于群寇”，深感难于对付。清廷为增加福建兵力，于十二月初五谕令新任福建水师提督吴全美（在粤），陆路提督郭松林（在苏），汀州镇总兵沈俊德，漳州镇总兵李成谋（在鄂），金门镇总兵王东华（在苏），建宁镇总兵张得胜（在皖），各带本部赴任。