1月11日，周恩来在重庆收到皖南新四军告急密电后，立即向国民党谈判代表张冲提出抗议，并分别向何应钦、白崇禧、顾祝同提出谴责，并直接写信给蒋介石，要他立即下令撤围、让路。

12日，蒋介石、何应钦又给顾祝同、上官云相下达密令，要他们务必生擒叶、项。顾和上官奉命后，迅速向顽强抵抗突围的皖南新四军发起第二次总攻击。13日，又连续发起第三次总攻击。同日，何应钦以急电致国民党各部队首脑，谓“连日来各战区进剿匪军颇为顺利，匪首叶挺、项英均先后被擒，……各部队须严为戒备，勿为匪乘”。

14日，周恩来命重庆《新华日报》发表消息，用“新×军”代替新四军，希望将皖南事变发生的消息透露出去。根据何应钦勿使皖南事变的一言一行泄漏出去的指示，国民党新闻检查官将《新华日报》文章中的“国民党反动派重重包围”改为“敌寇重重包围”，令人啼笑皆非。

新四军皖南部队经过浴血奋战，终因寡不敌众，弹尽粮绝，除2000余人突出重围外，其余大部壮烈牺牲或被俘，叶挺与国民党军谈判时被扣留遭囚禁，项英和副参谋长周子昆在突围中惨遭反动分子杀害，政治部主任袁国平身负重伤，不愿被俘，饮弹殉国。

17日，周恩来获悉何应钦等将以军委会名义公开发表取消新四军番号的命令，一面向张冲交涉抗议，一面把电话打到何应钦家中，对在电话里装腔作势的何应钦怒斥道：“你们的行动，使亲者痛，仇者快，你们做了日寇想做而做不到的事，你何应钦是中华民族的千古罪人！”深夜，周恩来悲愤不已，挥毫题写了“为江南死国难者志哀！”“千古奇冤，江南一叶；同室操戈，相煎何急！？”的挽词和挽诗，巧妙地避开国民党新闻检查官的检查，在18日的《新华日报》上发表。他又连夜组织人撰写了《新四军皖南部队惨被围歼的真相》的重要文章，亲自修改，19日以传单的形式散发到重庆各处，最早将事变真相公之于众。

17日，经蒋介石签署的《国民政府军事委员会通令》中，诬称新四军“……违抗命令，不遵调遣，……蓄意扰乱战局，破坏抗日阵线，阴谋不轨，……危害民族，……为敌作伥，……旨将国民革命军新编第四军番号即予撤消，该军长叶挺着即革职，交军法审判，依法惩治，副军长项英着即通令各军严缉归案讯办……”

皖南事变和“一?一七”反动命令所产生的巨大反响，完全出乎何应钦等的意料：中共中央1月20日任命陈毅为新四军代军长，重建军部，新四军扩编为七个师一个独立旅，共九万余人；许多爱国进步人士，海外爱国侨胞与解放区军民一致声讨国民党顽固派的罪行，连国民党当权集团中的许多人也不赞成挑起反共内战、自相残杀的做法；苏联率先反对蒋介石、何应钦的做法，英、美两国政府也对国民党施加压力，而日本侵略者却幸灾乐祸。1月17日日本同盟社从南京发出一条电讯，略称：“第三战区司令长官为使共产军早日移往江北，遂开始在东流附近围攻新四军及共产党各军队。……自14日以来，日军各部亦攻击宣城、金坛附近之新四军，‘国民政府’绥靖部队亦协助日军作战。”这就证明何应钦等与日伪军配合默契，共同消灭人民抗日武装力量的阴谋所包含的全部真实内容了。