民国五年（1916 年）六月六日，民国首任大总统袁世凯死后，辛亥首义“大帅”黎元洪继任大总统，黄开文仍为总统府礼官。这年的九月，黄开文交卸了同成铁路督办。

黄开文对黎元洪的评价是“黄陂秉性慈善，遇人公平，每言有饭大家吃，人咸以黎菩萨称之”。黎元洪任职后，由于国务总理段祺瑞独断专行，演成“府院之争”。民国六年（1917 年）夏天，黎元洪引长江巡阅使张勋入京斡旋，张勋兴兵入都。七月一日，拥戴前清宣统帝复辟，黎元洪被迫弃职。

民国十一年（1922 年）六月，直系军阀曹锟、吴佩孚赶走皖系总统徐世昌后，黎元洪“法统重光”，再任大总统，黄开文继续为总统府礼官。

十二月一日，居住在紫禁城中的退位皇帝溥仪举行结婚大典。三月三日上午举行“受贺札”，黄开文作为黎元洪大总统的致贺专使前去祝贺，“溥仪起立。位于中央的黄开文行一鞠躬，前行三步又一鞠躬，又前行三步鞠第三躬后，朗读贺词”。大总统黎元洪赠送礼物八件，计：珐琅器四件、绸缎二种、帐一件、联一副。其联文云“汉瓦当文，延年益寿，周铜盘铭，富贵吉祥”。

民国十二年（1923 年）初，曹锟贿选，逼黎下野。六月三日，黎元洪辞职。

在对比历任总统后，晚年的黄开文对黎元洪的亲民作风赞赏有加：“二次任元首时，居于东厂胡同邸第。每日依照法定时刻赴中南海办公，来往途中不设警备，轻车简从，无异平民，为历任大总统中首屈一指者。”

黄开文在晚年所写的小文中，对黎元洪的个性及当年诱捕张振武都有所涉及：

黎大总统元洪原系湖北混成旅旅长，辛亥年（即清宣统三年）八月十七日，即阳历十月十日在鄂起义，卒成共和，易如探囊取物，出乎意料之外。黎公循规蹈矩，安分守己，绝对无意行此惊天动地之创举，端赖孙武、张振武等坚心毅力，不惜冒险，翊赞为之。

黎公为人慈善异常，遇事寡断。左右之人假其名望权势往往作福作威，因此发生窒碍，百务不能进行。张振武可谓庸中佼佼者，但伊性既桀骜不驯，又好货财，任意挥霍。黎公稍不允其要求，辄流露其嚣张跋扈之态度，给黎公以难堪。黎公因恐养痈贻患，不得已密呈袁大总统，诱张振武入都制伏其罪，并约黎公北上以副总统兼任参谋总长职务，所遗湖北都督以段祺瑞继之。

1 9 2 8 年6 月3 日，黎元洪因脑溢血病逝于天津。后来，直至1935 年11 月24 日，民国国民政府才于武昌为黎元洪举行国葬典礼，遗体归葬于武昌卓刀泉。黄开文为黎元洪所送的挽联为：