《埃纪》共十二卷，按故事说，可以分为前后两部分，各六卷。

也有人把它分成三部分，各四卷。分成两部分的理由是前半仿《奥德修纪》，写埃涅阿斯的流浪；后半仿《伊利亚纪》，写埃涅阿斯与图尔努斯的战争。分成三部分的理由是第一部分以特洛亚的陷落和狄多的悲剧为中心；第二部分是过渡，写埃涅阿斯到达意大利，结盟，准备战争；第三部分写战争。从故事结构看，固然可以分成几块或几片，但是中心人物还是一个，贯串始终，故事本身还是有连续性的。

故事按史诗的规格要求，从中间开始（in medias res），而不从开天辟地（ab ovo）［1］说起。史诗一开始，特洛亚人已经过七年海上漂泊，正离开西西里往北向意大利进发。但尤诺同他们作对，命令风神刮起大风，把他们吹到了南面的迦太基。迦太基女王狄多热情款待他们。埃涅阿斯的母亲，女神维纳斯也不想让儿子再流浪而希望他在迦太基定居下来，因此叫自己另一个儿子小爱神丘比德促使狄多对埃涅阿斯产生爱情。在筵席上，狄多请他讲述他七年来的流浪经历。

卷二卷三倒叙埃涅阿斯从特洛亚失陷到抵达迦太基的经过。卷二写特洛亚的沦陷，希腊人用木马计进了特洛亚，一场血战，老王见杀，埃涅阿斯背着老父，携着幼子，妻子跟在后面，逃出城去。中途妻子失散牺牲。这卷写的是发生在一夜之间的事。卷三写他七年漂泊，写他处处想安家立业，写他的迷误和祈求神的指点，写他所历的艰险以及父亲在西西里的去世。他在几处都遇到特洛亚战争的幸存者，勾起他痛苦的回忆，而以他遇到赫克托尔的遗孀安德洛玛刻和她的丈夫赫勒努斯一段最为动人。

卷四写狄多和埃涅阿斯的恋爱和结合。但是尤比特遣神使去警告埃涅阿斯不要忘记建立家国的伟大使命，要他立刻离开迦太基。他决定牺牲个人的安乐，向狄多陈述必须离去的理由，并断然登舟而去。狄多再三设法想把他留住，但未能成功，她在悲恨之中饮刃自焚而死。狄多之死引起过历代读者的同情之泪（包括青年时代的圣·奥古士丁）。值得注意的是，诗人没有一处明白地说过埃涅阿斯也同样爱狄多。

卷五，特洛亚人又回到西西里，在这里举行了赛会，祭奠埃涅阿斯的亡父安奇塞斯。一起流亡的特洛亚妇女因为长久找不到安身之处，怕再继续过流亡生活，绝望之中，开始焚烧船队。火被尤比特扑灭。埃涅阿斯决定让不愿再流亡的人留下，其余的继续跟他去寻找意大利。中途，舵手帕里努鲁斯堕海身亡。