4月19日，岑春煊雇了一条日本商船开到肇庆。船上运有一百万元的军械（日本村田式六五步枪一万四千五百支、速射山炮二十门、捷克式重机枪八挺、一大批弹药）和一百万的现款，是岑春煊在日本所借。5月1日，在陆荣廷和梁启超的推动下，独立各省共推岑春煊为两广护国军都司令、唐继尧为副都司令。岑春煊发出讨袁通电，电文有“袁世凯生，我必死；袁世凯死，我则生耳”一句，一时在全国风传。

在肇庆成立两广护国军都司令部，官佐如下：

两广护国军都司令：岑春煊

副都司令：唐继尧

都参谋：梁启超

副都参谋：李根源

秘书长：章士钊

饷械局长：曾彦

财政厅长：杨永泰

卫戍司令：莫荣新

5月8日，两广护国军都司令部根据独立各省意见，在梁启超的策划下，扩大为护国军军务院，为全国讨袁的最高机构。不再承认袁世凯为大总统，而是遥尊黎元洪为大总统。军务院以唐继尧为抚军长，岑春煊为抚军副长，梁启超为政务委员长。蔡锷、李烈钧、陆荣廷、刘显世、龙济光、梁启超、陈炳焜等为抚军。因唐继尧不能离滇赴粤，由岑春煊摄行抚军长职权。军务院发表宣言：“黎公今方陷贼围，未克躬亲职务，查大总统选举法第五条第二项定，大总统因故不能执行职务时，以副总统代理之。副总统同时缺席时，由国务院摄行其职权。今大总统身犹蒙难，副总统职尚虚悬。国务院又非俟大总统任命，经国会同意后，不能组织。而军事正亟，应当求统一之方。且国运方新，尤宜作通筹之计。今由同志等往复电商，特暂设一军务院直隶大总统，指挥全国军政，筹办善后。军务院置抚军若干人，用合议制裁决庶政，其对外交涉，对内命令，皆以本院名义行之。”

军务院把云南和两广的军队编成护国第一至第六军。

护国第一军总司令：蔡锷

护国第二军总司令：李烈钧

护国第三军总司令：莫荣新

护国第四军总司令：李耀汉

护国第五军总司令：谭浩明

护国第六军总司令：林虎