就在这天晚上，大上海沉浸在武装起义胜利的狂欢之中，成了不眠之夜时，杭州西湖正是月色朦胧，水波不兴，远山诡谲。在湖畔的新新旅馆前，有一辆美国汽车，停在一株老树下。张静江单独约见了蔡元培。

张静江先拿出一份所谓各地共产党暴乱的情况通报，然后说：“孑民兄，国共分离，已成定局，兄弟是来向你交底的。”

蔡元培一怔，忙说：

“人杰兄，联苏、联共、扶助农工，是先总理的遗训啊，北伐尚未成功，就同室相煎，这不正中敌人的下怀吗？”

张静江面带悲痛地说：

“是鲍罗廷和共产党先违背总理遗训，先向我们进攻，党国已到生死存亡之际。”接着他大讲了一通江西、两湖工农闹革命、打土豪、分田地的情况。

蔡元培早在从闽回浙的路上，已感到北伐军将领有严重的反共情绪，各种关于工农革命的流言，也在军队和民间流传。现在听着张静江的喋喋不休，变得迷惘起来。

张静江见攻心已收到效果，便又加了把柴，说：

“孑民兄，蒋先生希望你和我一起回到上海，他要当面请教你呢！”

24日，蔡元培在张静江的苦苦逼劝下，与他离开杭州去往上海。同车而行的，还有从已沦为奉系控制的北大逃亡出来的马叙伦和蒋梦麟。火车在沪杭铁路上走走停停。蔡元培等这些政学界的要人，只能乘一节破旧的封闭运货车厢，颠簸着赶路。

到了龙华，白崇禧在东路军前敌总指挥部接见了他们一行，喜形于色地讲了一番部队进城、“清剿”北方军残部，下令停止罢工，收缴枪械武器，严禁袭击英、美、日领事馆等革命成果。后又大讲混进北伐军的共产党煽动排外恶性事件，致使外国军舰以撤侨民为名，猛轰南京城，死伤数千中国人惨案……

蔡元培听罢，仰天长啸：

“啊，我已闻到了同室操戈的血腥味了！”

27日，蒋介石在枫林桥总部行营，接见了蔡元培、马叙伦、蒋梦麟。作陪的是吴稚晖。蒋介石虽已踌躇满志，春风得意，但在元老面前非常谦和有礼。他以军人的威仪，腰板挺直地长谈了几个小时，无非是说“清党”实属迫不得已的无奈之举，苏俄的鲍罗廷正策划从军事上消灭我们云云。

蔡元培原本就不想搅进“清党”的深渊，他一再声明自己乃一介书生，不懂政治。他希望“清党”不是滥杀，即便某些人有罪，也应通过法律程序，不能为排斥异己草菅人命。

蒋介石听罢，满面笑容，说蔡先生不愧是知识泰斗，仁爱之心令人感动，以先生才学人望，我希望您主政全国教育呢。

之后蔡元培以“党国元老”的身份，参加国民党中央监察委员会的几次会议，举手赞成吴稚晖出面提出的“清党”议案，与张静江、吴稚晖等反共先锋联名发出“护党救国”的通电，为屠夫蒋介石发动四一二反革命政变，提供了道义的借口和合法的武器。

在国民党政府迁都南京的庆典上，蔡元培代表国民党中央党部，向中央政治会议主席胡汉民授印，并在阅兵典礼后，还发表慷慨激昂的演说：

“我们国民政府建都南京，完全为了救国，为了救党……”

蔡元培，在越来越浓的血腥气中，犹豫、徘徊甚至思想苦斗之后，走上了人生和历史的歧路。“寒冰火焰更番过，地狱原来在我身”，这是蔡先生的自我写照。