颇值得一书者，乃是光绪三十二年（1906年）世昌以钦差大臣赴东三省，任总督兼管东三省将军事务时之政绩。

东北三省，乃清朝发祥之地，因而具有特殊地位。世昌上任时，东三省在十年之内连遭俄、日两强盗三次大洗劫，山河破碎，民生凋残，国土沦丧，满目疮痍。此番命世昌赴关外，无疑是亡羊补牢之举。先是，清廷遣军机大臣载振和徐世昌赴东北全面考察，并要求对症下药，提出解决方案。经数千里跋涉，历时二月有余，世昌等向清廷提出《通筹东三省全局疏》，洋洋十万余言，此时其对治理东北，已是成竹在胸也。

世昌到任伊始，便先从改军政为民政入手。他认为：“以治兵之职，而辖管理民事之官，所务不同，利害亦异，隔阂既甚，牵制斯多，其终乃无一利之能兴，无一弊之不出。”因此，设总督，“举三省全部应办之事悉以委之”，“以一人之力总集群策，复以全国之力倾助车隅之地”。并设奉天、吉林、黑龙江三行省公署，所属各司与督抚一起共同办公，“事则公商，移则会画”，简化办事手续，提高工作效率，从而建立起高效率决策机构和运行机制，同时也适应了晚清推行新政的要求。他强调曰：值此非常之地、非常之时，非变革成制，则无以图存也。为惩治腐败，更新吏治，世昌推行一系列具体政策，付诸实施。与此同时，大力举贤任能，尤对留学归国人才中具真才实学者予以重用，并向全国招揽时务人才，使东北三省“一隅之地，人才济济”；对贪官污吏，则严厉打击，杀一儆百。上任数月，即查清并处理案犯数十起。一时好评如潮，声名雀起。