民国成立后，元济婉拒汤寿潜（1857—1917年，进士出身，曾任民国临时政府交通总长） 邀其出山为官之美意，继续致力于商务印书馆的出版事业。为适应建立民国后教育改革的新形势，元济组织大量人力编定新式教科书，相继推出《高等小学用共和国教科书新历史》六册、《高等小学用共和国教科书新国文》六册和《单级教科书》等，其中包括初等小学修身、国文、笔算、珠算等四种，另有《教授法》四种。1909—1911年，由张元济、高梦旦、庄俞、蒋维乔、杜亚泉等11人，根据部令编辑了《简明教科书》、《简易课本》小学补习教科书。编此课本之原因，一因为宣统元年，将学制改为四年；二因为第一套《最新教科书》，经过试验觉得文字、材料均太深，所以决定修订。凡认为应当改良的均尽量进行改进。除了文字改浅外，材料均选择合于儿童心理的，十分注意多用韵文和应用文。修改后的课本普遍称善。这套课本，初小五种、高小一种、教授法五种。

民国元年（1912年），全国教育临时会议召开，重点讨论教育新学制问题。商务印书馆捷足先登，配合学制变革，及时编辑出版《共和国新教科书》，是继第一部《最新教科书》之后又一部最完善的教科书。不仅宗旨与共和相适应，且文字更浅更短，并增加了图画，因而令读者喜闻乐见。

1914年，由蒋维乔、丁文江、谢观等25人编成《民国新教科书》、《中等师范学校用书》共39种，商业学校用书8种。同时，蔡元培将原编《哲学发凡》改名为《哲学大纲》出版。元培不自满假，继编成《简易哲学纲要》初版后，又经修改，去掉《简易》两字，更名为《哲学纲要》，作为师范学校用书再次推出。

新文化运动兴起，教育界掀起“国语运动”热潮。元济组织人力，运用“语体文”（白话文）编写教材。1920年1月，商务印书馆第一套《新法教科书》二十种出版，结束了几千年来文言文一统教科书的局面，有力推动了新文化运动的进展。1923年，为适应教育部推行的六三三学制，商务印书馆又推出了《新学制教科书》。上述新版教科书，应属当时最为完善、进步的教材，因而赢得了广泛的社会信誉和经济效益，奠定了书馆的坚实基础。