该汇刊是迄今为止研究台湾问题最权威的资料，填补了台湾历史文化研究在文献资料建设方面的一项空白。该汇刊内容详实、丰富，极富学术价值，涵盖明清及民国初期的私人著述及地方志书，新收录了台湾地区出版的《台湾文献丛刊》所未能收进的100余种古籍，包括大量孤本，稿本甚至珍本，完整辑录了体现台湾与祖国大陆渊源的档案资料，选编了记载两岸血缘关系的族谱，包括陈水扁、吕秀莲等民进党人先祖的族谱，并刊入了台胞的祖传私家文件。汇刊由关系闽台的古籍、档案资料、族谱，民间文件和契约四部分共同组成，共十辑，分百册出版，为确保资料的原始真实性，将尽量以影印方式印刷，装帧精美、典雅古朴、宜于收藏。党和政府高度重视汇刊的整理、编辑，发行。海峡两岸关系协会会长汪道涵为汇刊提写书名。以厦门大学人文学院和福建师范大学闽台区域研究中心为首的众多学者专家奔走于国内外各大图书馆之间，经十年策划，整理，方完成文献浩繁的编撰工作。该汇刊具有独一无二的权威性以及历史、文化、经济、政治研究价值，是大型图书馆、大型图书商城、高校图书馆的必备丛书，对各地台办以及大使馆等工作单位以及对台研究机构而言是极具参考价值的工具书。
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