水域生态系统结构、功能极其复杂多样，涉及到生物与环境的诸多方面，监测方法也千差万别。本规范的编写尽量采用比较成熟的测定方法，同时考虑到学科的发展、知识的更新，对当前国内外常用的方法进行了比较与选择。同时《水域生态系统观测规范》也希望能够通过总结中国生态系统研究网络（cERN）多年的监测经验，探讨水域生态系统的长期监测和联网研究的规范化，为我国水域生态系统野外长期监测提供经验和指导；并通过进行数据质量监控及信息服务，开展水域生态系统结构、功能等方面的大中尺度的比较研究，建立健康水体评价体系及相应的评价方法，为实现水资源可持续利用提供科学依据。《水域生态系统观测规范》分为5个部分，第一部分为总则，包括水域生态系统监测的目标与任务以及基本原则与采样方法；第二部分为水域自然地理与周边社会经济调查；第三、第四部分分别为湖泊和海湾生态系统基本要素的监测方法；第五部分为数据管理和质量控制。《水域生态系统观测规范》作为推荐性规程由cERN各水域生态台站遵照执行，各站还可根据《水域生态系统观测规范》编制适应各站更详细的技术标准或实施细则。
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