第一册 早年文
第二册 元也里可温教考 开封一赐乐业教考 火祆教入中国考 摩尼教入中国考 元西域人华化考 宗教史论文
第三册 四库书目考异
第四册 中西回史日历（上）
第五册 中西回史日历（下）
第六册 二十史朔闰表
第七册 史讳举例 校勘学释例 吴渔山年谱 旧五代史辑本发覆 历史文献学论文 杂著
第八册 敦煌劫余录（上）
第九册 敦煌劫余录（下）
第十册 元典章校补
第十一册 元秘史音译类纂（上）
第十二册 元秘史音译类纂（下） 元秘史校记 元秘史译音用字考
第十三册 廿二史札记批注 廿二史札记考正
第十四册 日知录校注（上）
第十五册 日知录校注（中）
第十六册 日知录校注（下）
第十七册 释氏疑年录 中国佛教史籍概论
第十八册 明季滇黔佛教考 清初僧诤记 南宋初河北新道教考
第十九册 鲒崎亭集批注（上）
第二十册 鲒崎亭集批注（下）
第二十一册 通鉴胡注表微
第二十二册 文稿 批注本 教材 诗稿 解放后重要讲话文章
第二十三册 书信
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