随着2003年太湖水华事件、2005年松花江污染事件等重大环境事件的发生，国家环境管理和社会民众对水生态环境的关注也在逐渐提升，如何监测与评价水生态环境质量也就成了一个亟待解决的重大问题。国家“863计划”“水体污染控制与质量科技重大专项”在“十一五”“十二五”期间安排了不少相关的研究工作，2011年，环境保护部开展松花江流域水生生物试点监测工作，也是对流域水环境质量监测评价的一次重要尝试。为了满足国内日益增长的流域水生态环境监测与评价方面的技术需求，在这些重要技术成果的基础上，中国环境监测总站、中国环境科学研究院组织相关科学技术研究单位共同编写了《流域水生态环境质量监测与评价技术指南》。由于我国幅员辽阔，河湖众多，各流域甚至各支流的生态环境条件都有着很大的差异，借鉴水专项提出的“一河一策”“一湖一策”的指导思想，《流域水生态环境质量监测与评价技术指南》提出流域水生态环境质量评价也要“因河制宜”“因湖制宜”，即流域水生态环境质量监测与评价作为一个开放的体系，将适用于我国流域的监测与评价方法都纳入进来，各地在水生态监测实践当中，可以按照《流域水生态环境质量监测与评价技术指南》建议的模式，从中筛选出适合本地流域特点的监测与评价方法，并在长期监测中不断摸索，修正完善，使之更适合本地流域水生态质量监测与评价的需要。
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