估算畜禽养殖非点源污染负荷的常用方法有畜禽污染模型法（机理模型）和产排污系数法（经验模型）。畜禽污染模型法是建立一个模型，计算畜禽粪便污染物对时间的累积量：产排污系数法是单个养殖畜禽每天排出粪便量乘以区域（或养殖场）的养殖数量。由于用畜禽污染模型法计算畜禽养殖污染物产生量过程中有些数据随时间变化较快，且所建立模型计算较为复杂，所以目前在宏观层面上进行畜禽养殖业污染物产排量核算时主要采取的是产排污系数法。常见的适用的机理模型包括Manure-DNDC模型、SWAT模型、APEX模型等。对于经验模型，多是依托具体的业务工作而衍生出来的具体方法。由于畜禽养殖污染负荷估算是一个复杂的科学问题，开展相关研究的单位和学者很多，但还没有绝对权威的方法，不同方法会有不同适用性和优劣性，开展畜禽养殖污染负荷模拟估算方法研究，对于更加科学精准估算畜禽养殖污染负荷具有重要意义。
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