《儒藏》分“经”“论”“史”三部,统摄各类儒学著作和儒学史料。“经部”即以经书为主体的经注、经解和经说系列;“论部”即以儒家理论阐发为主要内容的儒家子学、礼教、政论、杂议系列;“史部”以记载儒学历史为主要内容的人物、流派、制度、书目、学校等系列。每部之下,再根据需要,将文献分为若干类目,如:“经部”分为元典(儒经白文的重要版本)、周易、尚书、诗经、三礼(含周礼、仪礼、礼记及总论)、春秋(含春秋经、左传、公羊传、穀梁传及总论)、孝经、四书(含大学、中庸、论语、孟子及总论)、尔雅(附小学),再加群经(含总论、通考、经论等)、谶纬等;“论部”分为儒家、性理、礼教、政治、杂论等;“史部”分为孔孟、学案、碑传、年谱、史传、学校、礼乐、杂史等。以此“三藏二十四目”,庶几可将儒学成果及其历史收揽无遗。