四月，以织田信忠为首的织田大军倾巢而出，织田信雄、织田信孝、泷川一益、明智光秀等悉数上阵，眼看一场织田VS毛利的空前大对决就要展开，老天爷却跳出来捣乱，五月十一日，一场大雨使畿内的河流统统暴涨，掀起了一场大洪水，把一场战略决战的好戏给彻底搅黄。信长只能望洋兴叹。

俗话说：“兵贵神速”，战场上，时间就是生命。时间拖到了六月，对信长一方来说，麻烦就大了，织田军在六月才刚刚突入播磨等国，重重包围神吉城，到七月，靠丹羽长秀的“土龙攻”地道战术才把这种弹丸小城拿下，进而包围三木城。但拖的时间太长了，尼子家的上月城已经被毛利所攻克，尼子家彻底灭亡。尼子家上月城的陷落使羽柴秀吉在天正五年（1577）最后两个月中的努力几乎全部化为泡影。

更麻烦的事情在后面，天正六年（1578）十月，摄津守护荒木村重突然也举起了反旗。荒木村重也是一名降臣，和明智光秀有着姻亲关系。他靠自己的能力获得了摄津守护，在中国地区攻略中，成为羽柴秀吉的同事。他的反叛使中国地区攻略计划进一步陷入了泥潭。荒木的反叛使信长暴跳如雷。信长的手下人立刻展开活动，一方面希望解决困局，另一方面也希望保留荒木的性命。羽柴秀吉派出黑田孝高前往劝说荒木村重，明智光秀也建议信长在保留荒木性命的前提下允许其悔过投降。但荒木村重认为自己的有冈城坚固无比，加上毛利大军的支援，只胜不败，所以对他们的好意一概拒绝。荒木村重的顽固进一步激怒了暴躁的信长。十一月，信长派军平叛，荒木的手下、“切支丹大名”高山重友首先在天主教神甫的劝说下投降，有人带头吃螃蟹，荒木村重的摄津国立刻就土崩瓦解。有冈城几乎是瞬间就变成了孤城。十二月，信长大军包围了有冈城，荒木望眼欲穿的毛利援军想要到来援助看来已经是希望渺茫。

此时，信长决定以控制濑户内海的制海权为突破口。在木津川口惨败给训练有素的毛利水军以后，痛定思痛的信长意识到了要胜过毛利水军，彻底切断石山本愿寺的海上补给线，就必须在船只性能上有所创新。这个任务就交给了著名的水贼九鬼嘉隆。

信长和九鬼嘉隆鉴于上一次海战中遭遇雨点般火矢和焙烙弹袭击导致败北的教训，同时吸收了以往战船和中国明朝船只的经验，在建造的船只外面包上了铁皮，内部则用密封舱设计，放上三门大炮和大量铁炮作为武器。同时，采用人力驱动的大轮子作为动力，去掉了多余的桅杆和风帆。新的船只庞大而又防火，足以令日本国内其他的船只相形见绌。铁甲船的设计是日本造船史上的一大突破。顺便提一下，韩国人吹嘘他们的龟船是世界上最早的铁甲战船，我看恐怕不确，光是日本的铁甲船恐怕就比壬辰卫国战争中龟船的出现就要早很长时间，值得注意的是：铁甲船的发明还是吸取了中国船只的经验。而在中国明朝的《日本考》中，对日本船只的制造水平是不屑一顾的。最早的铁甲船，恐怕在中国的宋元时期就已经出现雏形了。

天正六年（1578）七月，完工的六艘铁甲船浩浩荡荡闯进了濑户内海。本愿寺的战舰在铁甲船面前显得不堪一击，轻易就被打成了碎片。铁甲船就驻扎在了港威慑濑户内海。铁甲船的出现使濑户内海的海面局势大大逆转（有关铁甲船的形制和战绩，目前尚有争议，今从《信长公记》）。九月，信长视察港，对九鬼嘉隆的功绩大为赞赏，并赏赐给他黄金二十枚和九人扶持。十一月，在木津川口，为了争夺濑户内海的制海权，毛利水军于六日再度出击，凌晨辰时，九鬼嘉隆率领以铁甲船为主力的舰队和毛利水军发生激战。铁甲船在这次战争中发挥了威力。面对六百余艘毛利水军船只，九鬼嘉隆避敌之长采取远程射击的方式，用铁甲船作为防护，利用铁炮和大筒进行海上射击，顺利击败毛利水军。

海上的胜利有力地配合了陆上战役的进行。天正七年（1579）九月，被围困了大半年的荒木村重逃出了有冈城，由于宇喜多直家倒向信长，彻底切断了这座孤城的补给线，十一月，有冈城陷落，荒木的妻子儿女以及家人被暴怒的信长屠杀殆尽。第二年元月，别所长治在三木城弹尽粮绝的情况下，提出以自己的性命换取部下和城内百姓的性命，得到了羽柴秀吉的准许，别所长治切腹自杀。一场闹剧落下了帷幕。