泡沫经济破裂之后，面对三大过剩，日本式经营也面临着考验：面对雇佣过剩，日本的企业还能不能持续他们的终身雇佣制和年功序列制？面对债务过剩，日本的企业还能不能延续他们主办银行和企业相互持股的治理模式？在挑战面前，日本企业打破了日本式经营的思维限制，从自我膨胀的陶醉中清醒过来，对自身进行客观的审视和思考，从人员雇用、治理模式等方面进行了彻头彻尾的自我变革。

终身雇佣制曾经因为在员工忠诚度方面的贡献而备受日本企业推崇，并逐渐成为日本式经营的关键代表因素，在这种制度下只要不违法乱纪或者企业不倒闭，被雇用者就可在企业工作到退休为止，不必忍受中途失业之苦。但从20世纪90年代开始，这种曾经令日本人感到自豪的制度却被越来越多的企业所抛弃。20世纪末被称为日本“中高年白领受难的时代”。那些为日本的经济高度增长、为日本企业发展作出过贡献的中高年员工在20世纪末被无情地抛弃了。日本企业的雇佣过剩从1993年开始显现出来，在1994年达到了150万人的水平，其后，稍有改善，但1997年再度开始恶化，并于1999年上升到228万人的高峰。当时，在日本企业一方，过剩感特别强的是企业的中高年白领阶层的员工。在这一时期，许多日本的大企业发布了大规模的裁员计划：日本政府持有53%的股份的NTT发表了裁员11万人的惊人计划，其他宣布裁员计划的企业还包括日产、日立、东芝、富士通等。日本40家具有代表性的大企业总共计划裁员15万人。据日本政府总务厅的调查数据显示，1999年失业的人数达到了313万人，完全失业率高达，比美国的还要高。企业与终身雇佣制的这种决裂，固然是日本经济长期衰退的必然结果，但是更为值得注意的是，日本企业已不再排斥欧美式的雇用方式，并期待通过被雇用者的充分流动来唤起早已消失的危机意识和岗位竞争意识。与此同时，面对终身雇佣制的瓦解，被雇用者的观念也在发生变化，在他们看来企业不再是带有“共同体”色彩的“家”，他们的内心追求正在由“爱社精神”向实现自我价值转变。

与终身雇佣制相配套，长期以来日本企业在工资报酬上采用年功序列制。在这种工资制度下，工资随工龄的增加而增加，比较有益于控制工资成本，但由于被雇用者在能力上的差异没有受到重视，职位工资在收入中的比重也不大，所以在鼓励被雇用者创造业绩方面缺乏激励作用。

年功序列制的这一弊病在过去虽未对企业发展构成严重影响，但泡沫经济破裂后的情况则大不相同，因为被它所忽略的因素恰恰是企业摆脱困境所必须充分调动的积极因素，因此几乎所有的企业都视之为桎梏将其抛弃，开始实行按能力和业绩确定报酬水准的工资制度。根据日本有关方面调查，到2004年末，已有90%的企业进行了改革，确立了以能力和业绩为原则的工资制度。

随着终身雇佣制和年功序列制的香销玉殒，日本主银行制的法人治理结构也岌岌可危。日本主银行制的公司治理结构具有以下三个突出特点：一是股权结构上的法人相互持股。在日本的上市公司中，其股份主要被金融机构和企业法人持有。二是经营者主导与内部治理机制。相互持股的股权结构，产生了大量不行使股东权益的“安定股东”，由于坚持相互之间互不干涉的立场，使董事会形同虚设，而经营者处于主导地位。三是主银行相机治理。主银行一般是指与企业具有专属、持续以及综合交易关系的银行，它是该企业的主要股东并为该企业提供最多的贷款额度。在企业财务状况较好时，主银行只作为企业平静的伙伴而存在，向企业提供日常金融服务，听任经营者自主经营。当企业出现严重财务危机时，主银行参与对企业重大问题的决议和处理。