在蒙古统治者的下层，还有一大群被称为"驱丁"的人群，他们的地位相当于牛羊，对他们而言，是完全回到了奴隶社会。在初期，蒙古人将大批南方汉人送往北方，然后当做奴隶变卖。元帝国的佃户制度和之前朝代不同地方是将奴隶制度和农耕制度结合到了一起，形成了独特而野蛮的奴隶-佃户制度，也就是说，佃户全家和所有土地都是管辖他们的蒙古人的私有财产，男人是这个蒙古人的奴隶，女人是这个蒙古人的婢女，所以，蒙元帝国是中国历史上自秦以来最野蛮的帝国，是一种用奴隶制的方式管理下的农耕社会。

蒙古人奴隶主般的统治方式导致社会严重的两极分化，一方面是奢华的蒙古贵族和各族官僚，另一方面是大多数平民百姓在温饱线和贫困线之间长期徘徊，一个很好的证明就是在蒙元时期涉及民生的产品生产工艺出现了大幅倒退。本来，蒙古人是最需要两种人的，一个是宗教人士，一个就是技术人员。他们在征服战争中经常大屠城，但总是不杀这两种人，宗教人士是蒙古人最尊敬的，各种技术人才则是蒙古人最需要的，但最尊敬的和最需要的这两个词在这里不能颠倒使用--蒙古人需要技术人才，但并不尊重他们，而仍是把他们当做奴隶使用。在蒙古军队四处征战的时候，总是有大批技术人才或者跟随军队行动，或者在后方进行各种技术生产。蒙元帝国时期，蒙古贵族和其他官吏的家中拥有大量的奢侈品，而普通民众的生活用品则显得很粗糙，其生产工艺要求已经达到了最低点：能用就不错了。

蒙元帝国最不得人心的政策就是民族隔离政策了。在今天看来，种族隔离制度是一个法西斯制度，遭人痛恨，但在工业革命以前，种族隔离制度算得上是一个正统的政治制度，欧洲有贵族制度，印度有种姓制度，中国有世族制度，蒙古人的制度也不过是另一种形式的社会分层制度。但人们是不会因为历史上一直存在过，或者其他国家也流行过而原谅这种制度，容忍只是因为无奈，或者说还能活得下去，而一旦生存成了问题，那就必须纠正平衡了。蒙古人这种制度与中国传统的世族制度相比，蒙古人的制度还是显得太赤裸裸、太野蛮了，世族制度有着根深蒂固的经济原因，而蒙古人的这种制度则是来源于冷酷无情的征服。作为最低等的南人，即使做了高官上朝时也必须做出一个姿势，就是双手背后，"南人仕于朝者，每当参礼既毕，必交手于背，作反接之状，虽（南人）贵官亦然，以示归顺之意。（曹春林《滇南杂志》）"即使是在忽必烈使用汉人较多的时代，也只有史天泽和贺惟一两个汉人出任宰相一职，而这也是以汉制汉。忽必烈甚至还曾下诏："以蒙古人充各路达鲁花赤，汉人充总管，回回人为同知，永为定制。"

蒙元帝国的种族制度使得社会也出现很多分层，谢枋得在其《叠山集》中有一篇《送方伯载归三山序》，其中说道："滑稽之雄，以儒为戏者曰：'我大元制典，人有十等，一官二吏，先之者，贵之也。贵之者，谓其有益于国也。七匠八娼，九儒十丐，贱之也。贱之者，谓无益于国也。嗟乎卑哉！介乎娼之下、丐之上者，今之儒者。'"尽管儒家思想仍是蒙元社会的主体思想，但儒生的社会地位却非常低，按照谢枋得的说法，仅仅比乞丐强一点。元帝国也曾因蔑视汉人而一度中止了科举考试，直到元仁宗的时候才恢复科举。