从13世纪开始，索马里就建立了封建帝国。1840年以后，英、意、法殖民主义者相继侵入和瓜分索马里。到第二次世界大战前，索马里被分为五个地区：意属索马里（现称南区），英属索马里（现称北区），法属索马里（现已获得独立的吉布提），以及现在的肯尼亚和埃塞俄比亚的一部分。

第二次世界大战后，联合国提出索马里的托管或独立倡议，作为响应，英、意先后于1960年被迫同意英属索马里和意属索马里独立，同年7月1日，两地合并成立索马里共和国。1969年，国民军司令西亚德发动政变，10月21日改国名为索马里民主共和国。1976年7月，“索马里革命社会主义党”成立，接管最高革命委员会的全部权力，选举西亚德任索马里总统。

政局混乱是索马里海盗的主要成因。1991年1月，索马里的西亚德政权被推翻，军阀割据的索马里逐步陷入无政府状态，部族间的流血冲突日益严重，索马里人大量逃离家园成为难民。从此，索马里政局陷入混乱。特别是美国暗中支持埃塞俄比亚出兵入侵索马里，2007年击溃了在索国内严厉奉行伊斯兰教法的“伊斯兰法院联盟”后，海盗活动急剧上升。

如今，在索马里大约活跃着25个海盗组织，其中劫持船只成功率较高的大型海盗组织有4个。

优越的自然条件也为海盗活动提供了场所。亚丁湾是印度洋进出地中海的必经海域，每年通过该海域的船只多达4.5万艘，从而为海盗提供了大量可供选择的目标。得天独厚的亚丁湾内海况良好，全年大部分时间风浪在2米以下，适合海盗活动。

巨额暴利为海盗活动提供了动力。1995年联合国从索马里撤走维和部队后，武装起来的索马里渔民与在索马里海域非法捕鱼的外国渔船频繁发生冲突，并经常扣押外国渔船及船员以换取赎金。多次轻易获取高额的赎金后，索马里渔民便不再以捕鱼为生，转而进行海盗活动。据不完全统计，2008年索马里海盗收取的赎金超过1.2亿美元。在暴利面前，许多军阀及部族武装也将视线转向大海，从事抢劫和劫持船只的勾当，很多生活无以为继的贫苦百姓更是纷纷加入海盗行列，希望“一夜暴富”。

国际社会长期打击乏力助长了海盗气焰。西方国家曾多次声称打击索马里海盗，却是口惠而实不至。加之亚丁湾、索马里海域面积广阔，海盗善于伪装，先期发现识别并制止海盗袭击相当困难。而船只一旦被劫，海盗便以人质生命为要挟，军队很难强行实施武力登船解救。对抓捕的海盗，由于面临一系列法律程序上的问题，处置起来也非常复杂困难，大部分国家的军舰通常不愿主动抓捕，使海盗更加有恃无恐，气焰更加嚣张。索马里海盗曾多次宣称，“不惧怕任何外国军舰和舰队，将战斗到最后一刻”。有段时间，还发生了海盗试图袭击法国“雪月”号导弹护卫舰、追击美国海军干货与军火船的事件，大有老鼠逗猫之势。