特别行动部队司令部的组建颇具传奇性。为了尽快解决人员和场地问题，国防部决定撤消一个当时的司令部。美国作战准备司令部在早期是一个常常被误解的部门，根据《高华德－尼可斯重组法案》，它原有的任务已不复存在，而且它的总司令詹姆斯·林德塞有一些指挥特别行动的经验。１９８７年１月２３日，参谋首长联席会议正式向国防部提议，将作战准备司令部改建为特别行动部队司令部。

１９８７年４月１３日，罗纳德·里根总统批准成立新司令部。４月１６日，国防部宣布特别行动部队司令部成立，并向参议院提名林塞德将军为第一任总司令，参议员对这一提名没有任何异议。

１９８７年６月１日，特别行动部队司令部举行了庆祝成立大会。国防部长助理威廉·塔夫特和安德迈·威廉·Ｊ·考文在庆祝大会上发表了讲话，这两个人当初对《努·考安修正案》的态度截然相反。在讲话中，安德迈·威廉建议林德塞将军的新司令部，与军队的主流保持一致，他说：“在特种部队和其他部队之间，多多少少存在着一些隔阂，有些人希望这些隔阂变得更深，现在，我们首先是要打破它们，其次，要教育所有官兵，要使他们认识并理解到做什么、为什么要这样做和这样做的重要性。每一支部队都要竭尽全力，以提高美军的作战能力。”林德塞将军知道，鉴于国防部此前对建立特别行动部队司令部的态度，采纳这一建议将会是一个挑战。

特别行动部队司令部历任总司令，从１９８７年，从首任总司令林德塞将军开始，迄今已有７任总司令。后６任为：

詹姆斯·Ｊ·林德塞（１９８７年４月１６日－１９９０年６月２７日）

卡尔·Ｗ·史延纳（１９９０年６月２７日－１９９３年５月２０日）

华纳·Ａ·唐宁（１９９３年５月２０日－１９９６年２月２９日）

亨利·Ｈ·萨通（１９９６年２月２９日－１９９７年９月２５日）

彼德·Ｊ·斯古梅克（１９９７年１１月５日－２０００年１０月２０日）

查尔斯·霍兰德（２０００年１１月至今）

每一任总司令在任期内都面临着不同的挑战和机遇。特别行动部队司令部自成立以来，国际局势发生了许多重大变化，前苏联解体、美军缩编、出现新的敌对国家、地区不稳定因素、大规模杀伤性武器数量增加等等，特种部队担负着越来越艰巨的任务，常规部队、美国驻各国大使和其它国家部门越来越多地使用特种部队。

按１９８７年《参谋首长联席会议手册》第７１～８１页所描述的，特别行动部队司令部的职责，是完成所担负的常规任务，在总统和国防部长的直接授权下，计划和领导特别行动。主要任务是：最后两项任务，“根据ＭＦＰ－１１财政计划，提出、落实预算计划”和“发展、实现特殊行动所需装备、材料、供给和服务保障”，使特别行动部队司令部比其他任何一个联合司令部都特殊，在承担责任的同时，它拥有相应的权力。国会赋予特种部队司令部异乎寻常的权威，它能够独立控制特种部队的结构、装备和资源。

特别行动部队司令部的结构，是首任总司令林德塞将军建立的，它沿用了典型的“联合首长”制。１９８８年６月，他对这一结构做了两处调整：Ｊ８（资源）首长负责执行ＭＥＰ－１１财政计划，增设Ｊ９首长，负责心理战和民间事务。

对司令部任务的陈述，涉及地理政治学的变化。随着前苏联的解体和地区不稳定因素的增加，对特种部队的能力提出了新的要求。为适应形势的发展，反映出特种部队大量参加维和与人道主义援助的新特点，１９９３年，唐宁将军修订了特种部队司令部的行动纲领：“在和平时期和战时，随时有效地在世界范围内领导特别行动、民间事务和心理战行动，服务于地区作战司令、美国大使及所在国家军队和其他政府机构。”