特种部队的行动纲领中，还增加了反大规模杀伤性武器、信息战和控制冲突，加强了防御措施，增加了反恐怖主义的任务。为了更有效地使用特种部队，萨通将军继续对司令部的任务、目标和前景进行了修订。１９９６年１０月，他对特种部队的行动纲领作了较小的变动：“在和平时期和战时，为国家总指挥权、地区作战司令、美国驻各国大使，及所在国家军队提供特别行动部队，在世界范围内有效地领导特别行动、民间事务和心理战行动。”

１９９７年１０月１日，萨通将军荣升参谋首长联席会议主席，新当选的总司令斯古梅克将军继续了对行动纲领的修订，他为特别行动部队提出了新目标：“要成为世界上现存的最有能力、适应性最强的特别行动部队，立志拥有最卓越的官兵和最高的专业水准。”

尽管不断修订，行动纲领的本质是保持不变的。但对于司令部总部的结构，斯古梅克将军要大刀阔斧地进行改革。他的前任在机构改革方面已经作了一些尝试，如合并职能相似的部门、实现流线型办事程序和重组人力资源等。作为一个前下属部队的司令，斯古梅克将军认识到，司令部总部没有把工作的重心放在关键的部门，而那些被忽视的部门才是特种部队的核心所在。他大胆撤消了传统的“Ｊ－首长联席制”，将作战与后勤部门合并为５个“完美中心”，每个中心各由一名一般军官、高级军官或高级文职执行官负责。重组保证了司令部总部的工作以战略作战为中心。Ｊ３和Ｊ５处合并为行动、计划和政策中心（ＳＯＯＰ）；作战模拟和准备处（Ｊ７）与计划和审计处合并为军事结构、准备、资源和战略评估中心；情报和信息行动中心（ＳＯＩＯ）包括命令、控制、通讯、计算机和资讯系统处（Ｊ６）、情报处（Ｊ２）和信息行动处（Ｊ３）；准备中心和后勤处组成了特别行动后勤采购中心（ＳＯＡＬ）；指挥服务中心包括人事处（Ｊ１）和特别参谋办公室。重组后的司令部总部确保各种资源的合理应用，使它能更好地为特种部队、地区总司令和美国驻各国大使服务。

要使特别行动部队司令部真正发挥作用，它下面要有所属部队，这是无可争议的。组建司令部的有关法律这样规定：“除国防部长的指令外，所有驻扎在美国的现役和预备役特种部队，都接受特别行动部队司令部的领导。”当时的国防部长肯斯帕·温伯格签署了命令，确定了他下属的三个司令部和大部分部队：驻扎在佛罗里达赫尔伯特的第２３航空军，总部设在加利福尼亚圣地亚哥的海军特别作战司令部，和驻扎在北卡罗来纳布拉格基地的陆军第一军。１９８７年８月１４日，特别行动部队司令部成立之后，温伯格又签署命令成立了联合特别行动司令部，此后，它变成了特别行动部队司令部下属的一个部门。

划归到特别行动部队司令部时，第一军是负责美国陆军所有特别行动的部队。它的任务是准备、提供、支持陆军的特种部队，领导对外协助防御、非常规作战、特别情报、心理战、突击行动以及其他相关的特别行动。它的下属部队包括第一、第七和第十特别行动队，第四心理战队，第９６民间事务部队，第７５游骑兵团，第１６０特别行动航空大队，预备役部队的国防军部队以及约翰·肯尼迪特别作战中心。

但是，这些单位并非全部归属到特别行动部队司令部。温伯格部长保留了心理战和民间事务部队。１９８７年年初，国防部长办公室建议成立一个独立、级别低于特别行动部队司令部的联合司令部，专门负责心理战和民间事务。和其他特种部队的遭遇一样，在２０世纪７０年代和８０年代，心理战和民间事务特种部队被大大削弱，因此，一些支持者担心，把这两个单位并于特别行动司令部，将不利于它的发展。林德塞将军反对这个计划，他认为，将其划归特别行动司令部，有利于保护特种部队的资产和资源，参谋长联席会议主席阿德迈·科隆同意他的意见。１９８７年１０月１５日，温伯格部长签署命令：包括现役部队和预备役，所有陆军、空军的心理战和民间事务特种部队，都划归特别行动司令部领导。