就在仓央嘉措出生的前一年，西藏历史上功绩最为显赫的五世达赖喇嘛罗桑嘉措抱憾离世。五世达赖曾借助蒙古和硕特部势力统一西藏核心地区，确立了藏传佛教格鲁派在雪域高原的主导地位。 1636 年，驻牧在天山南麓的和硕特部蒙古首领固始汗起兵南下，先后消灭了盘踞在青海与格鲁派为敌的却图汗部和康区的白利土司，并随后进军西藏，在以五世达赖喇嘛为首的格鲁派的支持下，推翻了藏巴汗政权，建立起和硕特汗王与达赖喇嘛共同领导的管理西藏地方事务的“甘丹颇章政权”，格鲁派最终取得了在西藏社会一枝独大的局面。

随后，为了巩固局势，西藏的蒙、藏领袖们积极地向新崛起的清政权靠拢。1644 年，清军入关定都北京，顺治皇帝派员入藏迎请达赖入觐。顺治九年（1652年）二月，五世达赖及随从三千人从拉萨动身，清廷派了专员和护军沿途照料。十二月，五世达赖至京师，顺治皇帝在南苑设宴洗尘，此后不但令亲王、郡王依次设宴款待，还特地修建了黄寺作为达赖留京时的驻锡之所。

达赖在京逗留两个月，于顺治十年（1653年）二月请辞回藏。顺治帝准其所请，在太和殿赐宴饯行，又赐鞍马、金银、珠宝、缎匹等物，命和硕承泽亲王等亲率八旗兵丁护送达赖至代噶。是年五月，清帝敕封五世达赖为“西天大善自在佛所领天下释教普通瓦赤喇怛喇达赖喇嘛”封号，并将颁给他的金册、金印派专人送往代噶。自此，达赖喇嘛的封号和在西藏的宗教地位，得到了清朝的正式确认，以后历世达赖都必须经过中央政府册封，遂成了一项制度。

在册封达赖喇嘛为宗教领袖的同时，清朝册封西藏实际的政治掌权人固始汗为“遵行文义敏慧固始汗”，也颁赐了金册、金印，让他“作朕屏辅，辑乃封圻”。宗教和政治两大领袖双峰并存的格局，也为日后蒙藏集团的权力争斗埋下了伏笔。随着西藏局势的稳定和格鲁派地位的巩固，五世达赖喇嘛对蒙古人总揽西藏行政大权的现状日益不满，利用各种手段对固始汗的权力进行侵蚀。

五世达赖得到清朝的册封回西藏后，一面向皇帝上表谢恩，一面凭借清政府的支持，继续扩大格鲁派寺院集团势力，强化自己的影响，并在甘丹颇章地方政权中进行渗透。

实际上，和硕特蒙古人在西藏的统治地位之所以能够形成，很重要的一个前提是西藏格鲁派在政治、军事上对他们的依赖。藏传佛教格鲁派自15 世纪诞生以来，一直和西藏其他教派进行竞争和斗争。通过三世达赖索南嘉措以来与俺答汗的联盟以及对和硕特蒙古人刀枪的仰仗等，格鲁派最终在西藏得到了不可侵犯的神圣地位，而和硕特蒙古人则登上了藏王宝座，两者似乎都如愿以偿。

但是，昔日号令西藏佛教诸宗的噶玛噶举派被赶下台以后，长期不甘心失败，召聚自己的信徒和施主们一再反抗，把矛头指向达赖喇嘛与和硕特蒙古汗。同时，临近的不丹法王兼国王主巴噶举首领时附时叛，西藏局势并不稳固。在联合抗击内外反对势力的过程中，藏传佛教格鲁派僧侣集团与和硕特蒙古贵族在一个比较长的时期里保持着密切的关系。　　然而，经过和硕特蒙古部固始汗、达延汗和达赖巴图尔等汗王的经营，后藏复辟势力完全被击败，格鲁派在西藏的地位越来越稳固。同时，通过打击和征服域外反对势力，收复阿里地区，西藏呈现出稳定的局势。在这种情况下，对以达赖喇嘛为首的西藏势力来讲，和硕特人似乎已经完成了他们的历史使命，蒙藏统治集团联盟日趋瓦解。

1668 年初，固始汗之子达延汗去世后，其六弟达赖巴图尔行使汗权。这年5月，当时担任第巴的丕凌列札木苏去世。由于汗位空缺，按照汗廷的惯例，第巴之位也空悬了一年。由于第巴是具体负责行政事务的，不能不设，于是1669 年8月，五世达赖喇嘛乘机命其崔本罗卜藏图多布为第巴，并从此掌握了最高办事官员“第巴”的任命权。对此，蒙古达赖汗于1671 年即位后，也只好予以承认。