“第巴”又称“第司”，原为酋长之意，是当时西藏地方政府设置的管理行政事务的最高官阶。任命第巴之权的旁落，是汗权的一大损失。蒙古人虽然控制着卫藏地区的统治权，可是具体负责行政事务的首席大臣又都是五世达赖派来的亲信，蒙古人的权力遂受到公开挑战。

1679 年，五世达赖喇嘛任命自己一手培养的桑结嘉措（1653－1705）为第巴。桑结嘉措是前任第巴丕凌列札木苏的侄子，8岁时即被送进布达拉宫，在五世达赖喇嘛身边长大。五世达赖喇嘛曾说，桑结嘉措“在处理政教二规事务方面也与其他第巴有所不同，处事做事与我亲自所办相同”，可见五世达赖喇嘛对他的信任。五世达赖喇嘛还把写有这些内容的条例交由“众护法神”保管，并把其中的一份挂在楼梯头上，甚至还在上面按上自己双手的印记。

桑结嘉措出任第巴后，凭借五世达赖的宠信和自身卓越的综合才能，一面在暗中进一步强化了摆脱和硕特蒙古汗王对西藏控制的努力，一面私下同另一股蒙古势力准噶尔部的首领噶尔丹建立联系，谋图借助噶尔丹的军事力量拔除和硕特蒙古在西藏的既有根基。

准噶尔部与和硕特部同属卫拉特蒙古，原在天山北麓一带驻牧，后实力不断扩大，四方攻击侵扰，与清朝为敌。该部首领噶尔丹（1644 －1697）曾于17 世纪末叶在拉萨学经，与五世达赖、桑结嘉措多有联系。噶尔丹从康熙二十七年（1688 年）起屡次直接与清朝发生军事对抗。清廷曾派人到西藏，敦请五世达赖派人说服噶尔丹降清。当时五世达赖实际已经圆寂，第巴桑结嘉措秘不发丧，假借达赖名义，表面劝说噶尔丹罢兵归顺，暗中却挑唆噶尔丹继续向蒙古各部袭扰。

康熙二十九年（1690 年），清军大败准噶尔部于乌兰布通（今赤峰）。身陷绝境的噶尔丹也是借助桑结嘉措派来军中的僧人向清军假意求和，才借机逃脱了清兵的追击。

1682 年，时年65 岁的五世达赖悄然圆寂。当此之时，羽翼未丰的西藏地方政府尚处于与邻近的拉达克（今克什米尔东南部地区）的交战之中，而工程浩繁的布达拉宫仍未能最后完工。在内忧外患的情况下，五世达赖在西藏地方政权中的代理人桑结嘉措为了稳定局势，确保自身已取得的权势与地位，对五世达赖的圆寂秘而不宣，对外谎称五世达赖喇嘛“入定”，除第巴外不见任何人。这样一来，唯有桑结嘉措一人能“觐见”达赖喇嘛，别人不得接近，达赖喇嘛的“法旨”由桑结嘉措传达，实际上等于桑结嘉措自己掌握了大权。

根据史籍记载，为了让人相信五世达赖仍旧健在，桑结嘉措和一干心腹每天照常出入达赖寝宫，有时在不得不接见某些重要人物时，还会让年龄和长相与达赖相像的僧人装扮成五世达赖代为接见。期间，第巴还指令重要宗教人物时不时散布五世达赖喇嘛的消息，以打消日益浓重的西藏地方政府官员中的怀疑气氛。　　就这样，在五世达赖喇嘛圆寂后的不利形势下，桑结嘉措不仅保住了格鲁派的一切既得权势，而且变本加厉，和硕特汗权旁落大半。 不过，另一方面，精明的桑结嘉措也开始着手寻访五世达赖的转世灵童，以备日后政治应对之需。仓央嘉措就是在这种情况下，被认定为五世达赖转世灵童，在两三岁的时候即被秘密保护起来，直到15 岁时才诏告天下，坐床继位。