据顾颉刚的《蔡元培先生与五四运动》一文可知，五四运动前夕，蔡元培和林琴南曾经发生过一次有名的公开辩论，轰动了全国。林写信给蔡，攻击蔡主办北京大学以来"覆孔孟，铲伦常"，"尽废古书，引用土语为文学"。蔡于1919年3月18日写了一封公开信答复林琴南，阐明了自己的办学方针：

对于学说，仿世界各大学通例，循"思想自由"原则，取兼容并包主义。……无论有何种学派，苟其言之成理，持之有故，尚不达自然淘汰之命运者，虽彼此相反，而悉听其自由发展。

对于教员，以学诣为主。……例如复辟主义，民国所排斥也，本校教员中，有拖长辫而持复辟论者，以其所授为英国文学，与政治无涉，则听之。筹安会之发起人，清议所指为罪人者，本校教员中有其人，以其所授为古代文学，与政治无涉，则听之。嫖赌娶妾等事，本校进德会所戒也，教员中间有喜作侧艳之诗词，以纳妾挟妓为韵事，以赌为消遣者，苟其功课不荒，并不诱学生而与之堕落，则姑听之。夫人才至为难得，若求全责备，则学校殆难成立。且公私之间，自有天然界限。

蔡元培致林琴南的公开信，通篇平实深沉，入情入理，不亢不卑，他提出了"思想自由，兼容并包"的办学方针，这被视为蔡元培大学教育思想的一个重要体现。在这封信中蔡元培彬彬有礼，进退有据，令对手心折。

当林纾的《荆生》《妖梦》受到批评后，面对舆论的压力，林纾认错，倒也爽快。"林琴南写信给各报馆，承认他自己骂人的错处"，这是陈独秀的话，这位"老革命党"也不得不称赞林纾，"像这样勇于改过，倒很可佩服。"但林纾对新文化运动，仍以卫道者自居。

在新文化运动文言与白话之争的风波中，林纾并不是一个人在战斗，他的弟子、时为北大学生的张厚载，也卷入其中。

张厚载即张豂子，生于1895年，江苏青浦（今上海）人，是徐树铮所办的立达中学出身，也是林琴南五城学堂教书时的学生。当时就学于北京大学法科政治系，兼任上海《神州日报》记者。张厚载崇拜旧文化，尤其酷爱旧戏，经常在报上写些剧评文章。他对新文化运动特别是陈独秀等人对旧戏的批评不满，曾与他们展开论争。在新旧斗争中，他坚定地站在林纾一边，被认为是林纾在北大的内应。林纾的小说《荆生》《妖梦》，都是经由他的手转寄上海《新申报》发表的。

1919年2月，《神州日报》发表张厚载《半谷通信》，说陈独秀、胡适、陶孟和、刘半农等人，以思想激烈，受到政府干涉，陈独秀已去天津，态度消极云云。无风不起浪，张厚载发表《半谷通信》起因是北大关于文理合并的改革。理科的秦景阳建议用教务长取代学长。蔡元培还没有采纳，张厚载便迫不及待将此消息公布。表面上看，张是抢发新闻，其实是捕风捉影，尽管他的通讯有部分实情。