日方数管齐下，袁世凯、李鸿章步步被动。在朝鲜以往的几次变乱中，表现得异常勇武敢为的袁世凯，以匹夫之勇面对错综复杂的外交军政攻势，显得力不从心。

8日上午，袁世凯致电李鸿章，称东学党溃不成军，援朝清军“似可撤兵，庶得体而免生枝节”。[24]紧接着，李鸿章又收到一份袁世凯来电，称刚刚收到日本驻朝使馆代办的密信，告知日本派兵入朝目的是“调护使馆”，“无他意”。得到日本驻朝公使馆的保证，袁世凯又立刻胆壮气扬，朝鲜国王因为听闻日本将要出兵，派人告知袁世凯，“请华兵毋遽下岸，尤毋须进兵”，袁世凯则信心万丈地称中国自有办法通过外交阻止日军派兵，如果不能阻止，中国会增兵与日军抗衡。同时，他电报李鸿章，改称“不能因倭调兵遽停进云”。

此时，运送中国派朝军首批部队的“图南”轮船刚刚抵达袁世凯指定的登陆点——牙山湾，尚未实施登陆。如果袁世凯当机立断，命令其留在海面上静观时局变化，必然会让借口中国出兵、自己也可以出兵的日本陷入被动。但是袁世凯对局势判断错误，未能踩下刹车，反而一脚踏中油门。

9日，聂士成率领的援韩清军先头部队在牙山踏上朝鲜土地。同一天夜间10时，日本驻朝鲜公使大鸟圭介带领武装警察和海军水兵队数百人登陆仁川。听闻日军登陆的消息，袁世凯寄希望于朝鲜政府和列强驻朝外交官帮助劝阻，但全部无效，10日下午6时，大鸟圭介率领日军冒雨进入了朝鲜首都汉城。

清政府派兵，凭着属国的正式邀请，但这种宗属关系并不被国际法所承认。日本政府不请自来派出军队，属于没有朝鲜政府请求的无理举动，却因为《天津条约》约文不严，拥有国际法依据。这一事前完全没有料到的局面，在清政府内被迅速提升到高层决策领域进行讨论，总理衙门的大致意见是“日乘韩乱，以兵胁议，又托言由华照会兵出，阴鸷极矣”，命令袁世凯就地在朝鲜与日本进行会商，以外交方式解决争端。面临日方不顾朝鲜政府拦阻，强行进兵汉城的举动，身处汉城使馆内的袁世凯仍未引起警觉，一厢情愿地认为日本是因东学党占领全州，韩乱未平，所以如此。“倭与华争体面，兵来非战”“速设法除全匪，全复，华兵去，倭自息。”[25]

如果说此前进入汉城的只是日本警察和军舰上的海军官兵，人数只有数百人，尚可以理解为保护使署的话，12日，日本陆军正规军——混成旅团的先头部队第十一联队一大队及工兵小队继又在仁川登陆，[26]而就在前一天，东学党因为和政府签署了休战协定，已经撤出全州，烟消云散了。这时日本还继续派来军队，显示着事态的性质已不是保卫使馆、商民这么简单。