1941-1943年间，萨缪尔森工作于国家资源计划局，负责战时的充分就业计划工作。根据这一段时间的观察和分析，萨缪尔森感到战后的就业状况不容乐观。1943年他写了一篇题为《战后充分就业》的文章，表达了他的忧虑：政府将削减创造就业机会的军费开支，同时，参战的士兵将脱下军装加入就业队伍，这样就会导致严重的失业，造成经济萧条，而唯一的办法就是采纳凯恩斯主义的扩张财政政策，从而可以缓解危机。虽然战后并没有发生他所预测的严重失业，但是他的政策主张却没有发生变化。

后来，萨缪尔森进入了美国预算局，开始为政府出谋划策。最初，他的主张和汉森一样，支持“补偿性财政和货币政策”，推行“逆经济风向行事”。具体而言，在萧条时期，政府应有意识地增加财政支出、减少财政税收以刺激总需求，中央银行则应当放宽信贷、增加货币供给，降低利息率以刺激投资；在繁荣时期，政府应减少财政税收，抑制总需求，而中央银行应紧缩信贷，减少货币供给量、提高利息率，以求得萧条与繁荣时期的平衡。萨缪尔森认为失业和通货膨胀是不会同时存在的，在存在失业的情况下，增加货币的数量并不会引起价格上涨。

1958年，经济发展委员会就美国未来经济发起了讨论，论题为“今后20年美国面对的最重要经济问题是什么”的讨论中，萨缪尔森一语道破：“通货膨胀的威胁是最棘手的问题”。他写道：20世纪—美国的历史很大部分已是物价上涨的历史……通货膨胀本身是一个问题。但是对通货膨胀的合理的和歇斯底里的恐惧—完全在通货膨胀，并且害怕对通货膨胀的害怕。”

当时约翰·肯尼迪还是参议员，他十分赏识萨缪尔森这位哈佛校友，并聘请他做自己的高参。1960年，成为总统的肯尼迪相当信任他，任命他为总统调查顾问和美国国家计划局经济顾问。1961年萨缪尔森加入了特别工作小组，并成为了向肯尼迪总统提交的《美国经济状况》报告的起草人和定稿者。在文章中，他建议增加国防支出和对外援助，并提议把公共工程、公路建设及城市更新计划放在最优先地位等等。

在政策制定者的那些人中，新古典综合派起着重要的影响。然而当肯尼迪总统邀请他担任经济顾问委员会主席时，他觉得没有自由，不愿受职位的束缚而婉言谢绝了。他转到幕后，为顾问委员会中新古典综合派的委员们如沃尔特?海勒、詹姆斯?托宾等出谋划策，为此他曾开玩笑地自比“灰色陛下”。

在萨缪尔森指点下，托宾等提出了如减税等许多大胆的刺激就业的财政、货币政策。在这样强大的人为操控下，美国的经济开始摆脱极为不利的“艾森豪威尔停滞”，到1965年时，GDP增长了31% ，物价上涨只有2%，就业情况也大为改善，美国经济形式一片光明，并且在肯尼迪及约翰逊总统任期内，没有爆发所谓的经济危机。于是在《经济学》的第8版中，萨缪尔森写上了一个醒目的标题《为经济周期唱挽歌》，并且以坚定的语气指出，新经济学就如同现代医药结束了小儿麻痹症和天花一样，熨平了经济波动。

用心良苦，完成旷世经济学巨著

1947年，对于萨缪尔森来说是收获最大的一年。这一年，他不仅发表了自己的专著《经济分析基础》，还被晋升为正教授，并获得为表彰40岁以下取得显著成就的经济学家而设立的约翰?贝茨克拉克奖。