李的英勇行为和忠诚受到南方头头们的青睐，他被任命为弗吉尼亚司令官和戴维斯总统的军事顾问，之后又担任了南部同盟军的总司令。但是战争刚开始的几个月之中，他并无惊人表现，主要是由于他把全部精力都用在建造防御工事上了，渐渐地部下开始讽刺他，给他起了一些乱七八糟的外号，诸如“婆婆妈妈的李”“后撤的李”“铁锹王”什么的。不过戴维斯总统对他却极其信任，可谓慧眼识才！

战争的不断发展更加证明了李的战争才能。1862年，号称“美国拿破仑”但实际能力有限的北军总司令麦克莱伦将军指挥11万大军发动“半岛战役”，企图攻占南方“首都”里士满，以取得战争的优先权。李指挥不到9万人的军队以灵活战术和顽强的斗志攻击北军薄弱环节，把麦克莱伦赶出了里士满附近的半岛，解除了里士满之危，此役史称“七日之战”，由此李威震全美。林肯总统非常失望，另外启用大胡子猛将波普担任指挥，希望他能带来一些转机。波普将军信心百倍，率领8万北军与李指挥的5万多的南军展开第二次布尔溪之战。李拥有着敏锐和机智的头脑，他用小部队将北军主力引诱到阵地，然后以精锐部队从侧翼和后方突然杀出，短短的时间内便大破北军。波普的8万大军被灭掉万，李的5万多军队仅损失了9000人！

无奈之下，林肯不得不重新启用号称“美国拿破仑”的麦克莱伦。老麦率军在安特提姆又和李将军进行了战斗。当时北军在数量和装备上都占绝对优势，即便如此，麦克莱伦并没有占到任何便宜，双方只是打了一个平手。最终不得不眼睁睁地看着李率军从容离去。林肯处于极度的绝望，令伯恩赛德将军接替。这伯恩赛德虽然忠诚正直，但能耐不大，刚上任几天，他的万大军就在弗里德里克斯堡遭到李将军部队的痛扁，伯恩赛德将军节节败退，率领残兵败将撤回华盛顿。林肯的最后一张王牌是胡克将军，但是几个月后，他的12万威武雄壮大军在钱瑟勒斯维尔战役中被李率领6万筋疲力尽的军队击溃！

每一个学生都是绅士

南北战争结束了，罗伯特·李从此远离尘嚣，也远离仇恨。他拒绝了一家保险公司年薪1万美元的聘请，在1865年9月就任了华盛顿学院的院长，工资一年只有1500美元。这所规模很小、名气也很小的学院，地处偏僻的列克星敦山区。在南北战争结束后的30余年里，昔日南部邦联的一些大人物们，用回忆录和文章继续着往日的战斗，而这位善于辞令的院长，却什么也没有写。从将军到校长的罗伯特·李致力于学院的教育事业，他说自己非常喜欢这美好的平民生活。

在超过5年的任期中，他将华盛顿学院由一所不知名的小学校转变成美国第一所提供商业、新闻与西班牙语课程的大学。他立下一条校训：“每一个学生都是绅士。”这在华盛顿让若干独断维持荣誉体系的学校垂范至今。重要的是，李校长专注于让学校吸引南北双方的学生。