航空业员工怀疑联盟会使他们失去工作，或担心工资福利降低。例如，SPA（天合联盟)成员的一些员工就担心，天合联盟一些高成本的航空公司成员会把一些活动转移到韩国航空运营商，这样可以受益于相当低的成本结构和更有利的劳工条约。53他们认为，这样做的后果会对在法国的雇员和总部设在发达国家（如美国的公司雇员）的公司员工造成失去工作和高工资的风险。

许多联盟正在遭受不稳定的痛苦，就是因为一个或多个合作伙伴把联盟作为过渡安排，他们在等待一个更好的替代机会。

例如，SAS和新航，曾经是分别是优飞联盟和全球卓越联盟的成员，他们放弃这些联盟而加入星空联盟。维持合作关系受到的挑战非常严重，以至于在2003年，跨大西洋的航空公司联盟——西北航空公司和荷航的联盟维持了14年的合作运行，竟成为最持久的联盟关系。54随着非股权联盟会表现出较高的瓦解可能性，航空公司联盟不稳定的情况也各不相同。

在联盟管理中，其关键问题包括：组建联盟之前的准备工作不够充分；乐观预测潜在的收益；合作伙伴之间的不相容；关系管理不善，即使是小问题的谈判，付出的决策成本也过高，甚至合作伙伴的承诺和服务水平轻微的变化都需要经过谈判决定。对于缺乏足够的准备，一个观察员曾经这样指出，“联盟有点像是婚姻，企业经常在许多问题上看法一致，以为他们已经有了一个共同的基础，然后最可能出现的是，事情从开始就已经出错。”55瑞航首席执行官菲利普?布鲁季索的看法是，“人们说联盟总是在浪费时间。花了半天时间去讨论一些小事，我们都在为同样的事情战斗，这就是不合并。当你不再是独立的时候，你就得不断地与别人谈判。”56

联盟成员在服务跨越方面的变化是另一个被关注的地方，尤其是代码共享联盟。在达美航空公司和维珍航空公司之间的互换机位协定协议就存在这类差异，比如有的达美客户并不喜欢维珍的服务概念，而却要乘坐维珍公司运营的共同代码航班旅行。在这方面，一位业内分析师指出，“联盟不是建立一个无缝服务产品的胶水。”57