明帝国海外贸易的第三个巨大不足，就是对于“国家海盗”的兴盛不能采取有力措施。当时，欧洲各国在军事、经济、科技、文化等多方面，基本都不如中国实力雄厚。然而，在某些技术上却比中国优秀，例如军事技术。由此造成西方国家利用“海盗”手段，逐步蚕食中国的各种利益。明帝国并没有采取有力的反制措施，从而将中国的海外贸易通道拱手让给了西方国家，从而使自己在未来的白银输入中处于很不利的位置。

同样，如果说陆路走私使得明政府财政收入中的一大部分流入各种强势人手中的话，海上的走私却促成了民间商人势力的急剧壮大，从而使他们可以利用雄厚的资本迅速漂白。一方面，这些走私势力又与当地士绅合作开始向政治、军事、经济多领域渗透，以至到了明末，明帝国的最后保护者竟然是海盗家族出身的郑芝龙父子。